安装Rcartogram包 - 错误消息

时间：2015-07-24 14:26:40

标签： r windows cartogram

我正在尝试制作像here

这样的制图

从链接安装不起作用：

`install.packages('Rcartogram', repos = 'http://www.omegahat.org/R', type = 'source')`
Installing package into ‘C:/Users/Milena/Documents/R/win-library/3.2’
(as `lib` is unspecified)

Warning in install.packages :
  package ‘Rcartogram’ is not available (for R version 3.2.0)

也不是来自zip文件：

  

install.packages("C:/Users/Milena/Downloads/Rcartogram_0.2-2.tar.gz", repos = NULL, type = "source")

     

将软件包安装到'C：/Users/Milena/Documents/R/win-library/3.2'   （由于lib未指定）   *安装源包Rcartogram ...   **********************************************
WARNING: this package has a configure script It probably needs manual configuration **********************************************

     

** libs

     

*** arch - i386警告：运行命令'make -f“Makevars”-f“C：/PROGRA~1/R/R-3.2.0/etc/i386/Makeconf”-f   “C：/PROGRA~1/R/R-3.2.0/share/make/winshlib.mk”SHLIB =“Rcartogram.dll”   OBJECTS =“Rcart.o cart.o”'状态为127 ERROR：编译失败   包'Rcartogram'   *删除'C：/Users/Milena/Documents/R/win-library/3.2/Rcartogram'警告install.packages：running命令   '“C：/PROGRA~1/R/R-3.2.0/bin/x64/R”CMD INSTALL -l   “C：\用户\米莱娜\文件\ r \赢库\ 3.2”   “C：/Users/Milena/Downloads/Rcartogram_0.2-2.tar.gz”'的状态为1   install.packages中的警告：安装包   'C：/Users/Milena/Downloads/Rcartogram_0.2-2.tar.gz'有非零退出   状态

我该如何解决这个问题？

我正在使用 Windows 计算机。

感谢所有花时间查询这个问题的人。

这是我的sessionInfo：

R version 3.2.0 (2015-04-16)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows 8 x64 (build 9200)

locale:
[1] LC_COLLATE=English_United Kingdom.1252  LC_CTYPE=English_United Kingdom.1252    LC_MONETARY=English_United Kingdom.1252 LC_NUMERIC=C                           
[5] LC_TIME=English_United Kingdom.1252    

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] fftw_1.0-3

loaded via a namespace (and not attached):
[1] tools_3.2.0

2 个答案:

答案 0 :(得分：15)

在Windows上安装Rcartogram

Rcartogram是一个R包（由Duncan Temple Lang提供），其主要目的是为一些C代码（由Mark Newman编写）提供R包装器，它实际上完成了构建制图（也就是变形地图）的工作。 Mark Newman编写的C代码利用了FFTW（西方最快的傅立叶变换）编译库。

Truc Viet Le的问题链接描述了如何在 Unix 系统上安装Rcartogram。将Rcartogram放到 Windows 系统中还有一些额外的技巧和陷阱，尽管从本质上讲，它几乎是相同的过程。

要在Windows系统上安装Rcartogram，首先需要安装所有先决条件，即：

  • Rtools程序套件（您需要能够在Windows机器上安装任何涉及C代码的R软件包），并且
  • FFTW库（Rcartogram代码使用）。

当你第一次安装Rcartogram时，你需要告诉R在哪里找到FFTW库，当你加载Rcartogram时，你几乎肯定需要让R知道在哪里找到FFTW库，例如通过library(Rcartogram)在R会议中。

我发现我还需要对Rcartogram R代码进行一些非常小的更改（主要是为了使它与R语法的更改一致，因为它已被编写）以便快速安装并正确运行视窗。

所以完整的答案包括几个步骤。

步骤1：安装Rtools套件

我怀疑您需要安装Rtools才能超过状态127错误。有关如何执行此操作的官方说明，请访问http://cran.r-project.org/doc/manuals/R-admin.html#The-Windows-toolset。有关如何将Rtools安装到Web上其他位置的Windows系统的用户友好解释 - 请参阅例如https://github.com/stan-dev/rstan/wiki/Install-Rtools-for-Windows。 （官方说明告诉你如何安装许多其他东西，如果你想在Windows上从源代码构建R本身，或者使用LaTeX生成包文档，你需要它，但你不需要所有这些东西到让Rcartogram工作）。

更长的回答： 我现在可以通过从我的PATH中删除对Rtools所在目录的引用来复制你的status 127 error ---。当我这样做时，Windows cmd shell（您可能在其中键入R CMD INSTALL …）找不到Rtools可执行文件，这会导致127错误消息。同样，尝试从R中运行install.packages()也会失败方式，因为在引擎盖install.packages下调用Windows cmd shell。

你为什么需要Rtools？好的Rcartogram是一个包含C代码和纯R代码的软件包。实际上它主要是C代码 - 来自Mark Newman。从源代码安装包含C代码的包需要C编译器。事实上，最好（几乎必不可少）它是与R本身构建的C编译器相同的。这就是Rtools的主要功能 - 可以在Windows版本的C编译器上安装。在Windows中运行C编译器也需要一些额外的shell命令（也称为小程序），这就是Rtools的其余部分。大多数（开源）C社区似乎在Unix（或其变体）世界中工作，那些额外的命令（实际上是C编译器本身）是Unix中“标准”系统的一部分。我们这些只在Windows工作的人需要安装Rtools，这是从Unix到Windows的必备工具的端口。

步骤2：安装FFTW库

最初我从这里http://www.fftw.org/获得了FFTW库。

有两个版本，32位版本和64位版本。在Windows 64位计算机上，您需要两个版本。 （除此之外，通过设置Rcartogram时设置标志，可能有一种方法可以只使用一个，但我还没有测试过这条路线）。将32位版本解压缩到子目录/i386中，将64位版本解压缩到子目录/x64中。在我的情况下（见下文），我将它们作为＆＃34; C：/ msys / fftwtest＆＃34;的子目录。 （除了这些子目录是R使用的约定 - 理论上你可以将它们放在别处，但为什么会造成额外的复杂性！）。

困扰我一段时间的一个陷阱是这些库是动态库（即.dll），所以 - 稍后 - 我需要确保当我将它们安装到我的电脑上时，我将它们放在那些位置在我的PATH上（或者我通过添加位置 - 也就是目录 - 安装它们来改变我的PATH），因为否则我在R完成安装包之前的最终检查中得到了非常无益的错误消息。 32位和64位（子）目录都应包含在PATH中。

步骤3：告诉R在哪里找到FFTW库

告诉R（在Windows机器上）在尝试安装Rcartogram时在哪里找到FFTW库的技巧是将src/Makevars.win文件添加到Rcartogram包的src子目录中。这意味着您必须先解压缩并解压缩Rcartogram tar.gz文件，然后才能进行此更改。 （旁白：我使用7zip在我的机器上解压缩这些类型的文件。）

我的src / Makevars.win文件（它是一个文本文件）有2行，

PKG_CPPFLAGS=-I"C:\msys\fftwtest\x64\include"   -DNOPROGRESS 
PKG_LIBS=-L"C:\msys\fftwtest\x64\lib" -L"C:\msys\fftwtest\i386\lib" -lfftw3 -lm

引号中的文件名是我放置FFTW库版本的地方。 （这些并不是我下载的，就像我学习如何从源代码编译FFTW，并制作了我自己的副本，但解释如何做到这一点是一个冗长的故事所以我不会尝试它这里）。

PKG_CPPFLAGS行中提到的目录是包含C预处理器所需的名为 fftw3.h 的头文件的目录。无论你指向32位（\ i386子目录）还是64位（\ x64子目录）都没关系 - fftw3.h文件是一个C源文件，无论安装什么架构R都是一样的对

PKG_LIBS行中提到的2个目录是可以找到名为 libfftw3.something 的文件的目录，以及链接器在编译步骤结束时将所有内容放在一起时所需的目录。 某些可能是＆＃34; .dll＆＃34; （在这种情况下，子目录可能是\ bin而不是\ lib），或者它可能是＆＃34; .a＆＃34;或＆＃34; .la＆＃34; （当我学习如何从源代码编译FFTW时，这就是R在使用我创建的静态FFTW库时所寻找的）。

需要2个目录，因为R默认尝试在Windows机器上安装32位和64位版本的Rcartogram。如果你提供.dll格式的FFTW库文件，那么这些是你的PATH必须完全相同的库（因为当你尝试做库（Rcartogram）时，R需要在加载已安装的时再次找到FFTW dll库Rcartogram包）（除此之外，为什么最后我编译了自己的静态FFTW库，所以我不必在Windows环境中弄乱我的PATH变量。）

如果您使用上面链接中下载的二进制文件，则fftw3.h和libfftw3.dll文件 都在同一个（子）目录中，和 libfftw3.dll文件实际上称为 libfftw3-3.dll ，所以在这种情况下你的src / Makevars.win文件需要是：

PKG_CPPFLAGS=-I"main libfftw directory\x64"   -DNOPROGRESS 
PKG_LIBS=-L"main libfftw directory\x64" -L"main libfftw directory\i386"  -lfftw3-3 -lm

与我的src / Makevars.win的主要区别是：

  • 插入main libfftw directory的名称 - 即解压缩下载的FFTW二进制文件时创建/i386和/x64子目录的父目录
  • 删除\include和\lib子子目录，
  • 将-libfftw3更改为-libfftw3-3（另请注意必须是-（减号）前面-L（减号）符号前面的空格{1}}和-l标志）。

Makevars.win文件在做什么？当它试图在Rcartogram的src子目录中预处理，编译和链接C代码时，它告诉R安装过程 flags 。 PKG_CPPFLAGS的值是C预处理器的一组标志，PKG_LIBS的值是链接步骤的一组标志。

  • -I是一个标记，表示当C预处理器正在查找包含文件时，请尝试查看以下目录，因此在上面的示例中，它说要查看{ {1}}。它寻找的包含文件是"main libfftw directory\x64"（该文件名隐藏在Rcartogram内的C代码中）
  • 当fftw3.h标志显示当链接器正在查找您希望使用的任何库中的文件时，请尝试查看以下目录，因此-L表示尝试查看-L"main libfftw directory\x64"目录。您可以（并且需要）在该搜索路径上拥有多个目录 - 链接器只是一直查找，直到找到它要查找的内容（或者用尽地点查看并给出错误消息），并且
  • "main libfftw directory\x64"标志给出了链接器应该查找的库文件的名称，但不是逐字的 - 而是根据您从（稍微疯狂的）惯例中输入的内容构造名称。 unix世界。因为库总是的文件名以“lib”开头，所以约定的第一部分是你留下＆＃34; lib＆＃34;你放在国旗上的名字。库的文件名可以有几个不同的扩展名（例如“.dll”或“.a”），因此约定的第二部分是您将文件扩展名保留在-l标志值之外好吧，让链接器理清它想要的东西。因此，-l表示要查找名为–lfftw3的文件或名为libfftw3.dll的文件（可能还有其他可能的扩展名，我不确定）。

下载的dll实际上称为libfftw3.a，（与我自己编译的dll不同，称为libfftw3-3.dll）因此需要将libfftw3.a标志更改为–l

NB 如果您使用下载的使用–lfftw3-3的FFTW库，请确保您已将它们放在PATH上（请参阅第2步的最后一段）。

步骤4：对Rcartogram C代码的小修正

我发现还有两个小的变化，我必须对Rcartogram代码本身进行操作。

首先在文件R / cart.R中有两行，两行都使用.dll函数。我需要在.Call( )函数中再添加一个参数（即PACKAGE = "Rcartogram"），例如

.Call

成了

tmp = .Call("R_makecartogram", popEls, x, y, dim, as.numeric(blur))

同样，进一步向下推车.R改变后的tmp = .Call("R_makecartogram", popEls, x, y, dim, as.numeric(blur), PACKAGE = "Rcartogram") 变为

.Call

第二，再次在R / cart.R中，我不得不改变

.Call("R_predict", object, as.numeric(x),  as.numeric(y), ans, dim(object$x), PACKAGE = "Rcartogram")

到

tmp = rep(as.numeric(NA), length(x))
ans = list(x = tmp, y = tmp)

这个给我带来了很多工作要找，但没有它，Rcartogram的演示给出了错误的结果（即使它运行正常）。

步骤5：实际安装Rcartogram

您现在应该可以安装Rcartogram了。

  • 打开cmd窗口，将目录（# Avoid problems with the same vector (tmp) being sent to C twice due to R's # copy-on-modify rules tmp_x = rep(as.numeric(NA), length(x)) tmp_y = rep(as.numeric(NA), length(y)) ans = list(x = tmp_x, y = tmp_y) ）更改为解压缩和修改的Rcartogram包源代码所在的位置，然后键入cd或

  • 启动R会话，将工作目录设置为Rcartogram源所在的位置并键入R CMD INSTALL --preclean .

install.packages(".", repos = NULL, type = 'source', INSTALL_opts = "--preclean")有效，因为您已将.编辑到Rcartogram源代码所在的目录。 cd标志告诉R整理先前（失败）尝试在Rcartogram开始之前编译C代码的任何剩余中间文件。如果你做到这一点并且仍然遇到问题，那么也可以添加--preclean标志。它提供了有关安装失败原因的更多详细信息。

第6步：享受变形地图

我刚刚开始实际使用Rcartogram（我花了一些时间才能做到这一点！），但你可能想查看getcartr --- R package。该套餐使用Rcartogram，看起来很整洁！ 并且 github网站上给出的安装说明第一次为我工作（我已经安装了devtools并且正常工作）。

希望这会有所帮助（并祝贺任何读过这篇文章的人）

2017年5月更新

我现在已经做了几年了（所以不能保证它仍然可以工作），但在我上面写这篇文章之后，我在https://github.com/Geoff99/Rcartogram/tree/WindowsInstall创建了一个RCartogram的分叉副本。

请参阅包含

的WindowsInstall分支

（要使用本教程，您需要使用分叉存储库的WindowsInstall分支！）

答案 1 :(得分：0)

要安装Rcartogram，您需要从网站http://www.omegahat.org/Rcartogram/下载该软件包并从源代码安装。打开终端（在Windows中，它称为命令提示符），将目录更改为下载文件所在的位置并键入：R CMD INSTALL Rcartogram_0.2-2.tar.gz

该命令是从源安装R包。为此，您需要一个有效的C编译器。从您的错误消息中，您的C编译器看起来有些问题。确保它是否有效（或者你有一个）。看看这个问题：C compiler for Windows?

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