Question

我正在试图编写报告，我的问题是每次编译R时都会加载我在报告中使用的包（如ggplot2，MASS，cubature ..）。这非常耗时。有没有办法对包裹进行处理？

我找到 cacheSweave 但它不起作用。

这是我在sweave文件中添加的块：

<<cacheSweave, eval=TRUE, echo=FALSE, term=FALSE, cache=TRUE>>=
library(cacheSweave) 
 lapply(c("ghyp","MASS","nloptr","cubature","ggplot2"), require, character.only=T)
@

谢谢

Answer 1

由于您对knitr软件包感兴趣，我花了一些时间来实现此功能，您可以从https://github.com/yihui/knitr下载开发版本。正如我所说，cacheSweave不会保留任何副作用; CRAN上当前稳定版本的knitr仅保留打印的副作用，加载包的副作用在GitHub上的开发版本（＆gt; = 0.3.3）中保留。运行缓存的块时，所有包名称都缓存在文件__packages中。下次要重建此块时，将在执行块中的代码之前加载所有包，否则将跳过此块。换句话说，只有在真正需要时才会加载包。

另一种方法是使用块挂钩，这不需要您安装开发版本。例如，您可以添加名为packages的块选项，并设计一个块挂钩，如：

<<setup, include=FALSE, cache=FALSE>>=
knit_hooks$set(packages = function(before, options, envir) {
  if (before) {
    ## load packages before a chunk is executed
    for (p in options$packages) library(p, character.only = TRUE)
  }
})
@

然后你可以使用像

这样的块选项

<<test, packages=c('MASS', 'ggplot2')>>=
qplot(rnorm(100))
@

其中选项packages是包名称的字符向量，由上面定义的块挂钩使用。这种方法的缺点是您可能必须为许多块指定此packages向量，而第一种方法是自动的。您可能需要花费几分钟时间来了解chunk hook在knitr中的工作方式：http://yihui.name/knitr/hooks

Answer 2

您不在Sweave（rnw）文件中调用library(cacheSweave)。请考虑以下test.rnw文件：

\documentclass{article}
<<cachedCode,cache=TRUE>>=
#this Sweave block will be cached
@
\begin{document}
\end{document}

然后你可以使用：

运行它

require(cacheSweave)
Sweave('test.rnw', driver=cacheSweaveDriver)

Sweave Cache包

2 个答案: