Question

我将R升级到v2.14.0，随着升级，我决定将标准软件包存储库移至Dropbox，因此笔记本电脑和台式机始终处于同步状态。我在R_LIBS=/Dropbox/ToolBox/R/packages中设置.Renviron，当打开Rstudio或R.app（mac）时，我收到以下命令：

> Sys.getenv("R_LIBS")
[1] "/Dropbox/Toolbox/R/packages"

> .libPaths()
[1] "/Dropbox/Toolbox/R/packages"      
[2] "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.14/Resources/library"
[3] "/Applications/RStudio.app/Contents/Resources/R/library

但是当我在.Snw（Textmate + Sweave）中运行相同的命令时，我得到：

> Sys.getenv("R_LIBS")
[1] ""

> .libPaths()
[1] "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.14/Resources/library"

正如您在上面我从Sweave调用R时所看到的那样，它只会选择标准存储库。我创建了Renviron.site，Rprofile.site，在类似问题后阅读help(Startup) {{3} }和q1没有成功。

有人可以解释一下如何解决这个问题吗？（/ p>）

更新：当我从R中扫描我的.Snw时，它会选择所有正确的文件夹。我不确定为什么从textmate那里做的事情做了不同的事情。

有什么想法吗？

Answer 1

感谢Josh，我意识到问题不在于R本身，而在于文本中。

Sweave和R捆绑包都没有拿起我的本地存储库，因为选项--vanilla在两个捆绑包中都是默认设置。

这是我的解决方案：

R Bundle

打开终端并转到$ HOME / Library / Application Support / TextMate / Pristine Copy / Bundles
键入>mate R.tmbundle这将直接在textmate中打开R包
在支持文件夹中有一个名为tmR.rb
向下滚动，直至找到此行： stdin, stdout, stderr, pid = my_popen3("R --vanilla --slave --encoding=UTF-8 2>&1")
删除 - winsilla选项并保存

Sweave Bundle

在Textmate中，转到Bundles＆gt; Bundles Editor＆gt; Show Bundles Editor
点击Sweave包以展开
去Sweave，Typset＆amp;查看并向下滚动，直至看到以下行：echo -e "setwd('$SW')\nSweave('$TM_FILEPATH')" | R --vanilla --quiet | pre
将--vanilla改为--save
重新加载捆绑包

幸福的日子又回来了： - ）

Answer 2

尝试在位于"Rprofile.site"的{{1}}文件中添加这样的行。（此处，$R_HOME/etc/是在有效$R_HOME会话中运行R.home()返回的目录。）

（您还希望从（a）您的主目录中移除（可能是暂时的）任何R文件;以及（b）当前目录（从中启动R / Sweave）。）

".Rprofile"

然后，如果这不能彻底解决问题（并且它确实对我有用），则Sweave然后将LaTeX应用于包含以下块的骨架.libPaths(c("/Dropbox/Toolbox/R/packages", .libPaths()))文档。

.Snw

输出应该为您的问题来源提供一些有用的提示。

Sweave无法加载R包

2 个答案:

R Bundle

Sweave Bundle