Question

我找到了一种方法来绘制鸡基因组上的CpG位置，如下所示：

library(BSgenome.Ggallus.UCSC.galGal4)
library(Biostrings)

#Create the chromossome set

chr_all=paste("chr", c(1:28, 32, "Z", "W"), sep="")

#CpG Mapping on Genome
        CpGpos<-lapply(chr_all,function(x) { 
          RES<-matchPattern("CG",Ggallus[[x]])
          RES<-cbind(rep(x,length(RES)),RES@ranges@start)
            return(RES) 
        })

        CpGpos<-do.call("rbind",CpGpos)
        CpGstartend<-cbind(CpGpos,as.numeric(CpGpos[,2])+1)
        CpGstartend<-as.data.frame(CpGstartend,stringsAsFactors=F) 
write.table(CpGstartend, "CPGstartendWGChicken.txt", sep="\t", col.names=F, row.names=T, quote=F)

结果：

[fibio@milou2 Stacks]$ cat CPGstartendWGChicken.txt |head

    1       chr1    38      39
    2       chr1    84      85
    3       chr1    146     147

...

现在我想对我的MEDIPseq结果做同样的事情。我已经使用了.bam格式的对齐序列（BSgenome.Ggallus.UCSC.galGal4）。

超级有趣的是每个CpG具有覆盖值的列

预期结果：

               Chr   Start    End  Depth
               chr1    38      39    10
               chr1    84      85    12
               chr1    146     147   20

我知道名为MEDiPS的Bioconductor R软件包可以做到这一点，但它使用的是Windows大小。但是，我需要每个CpG的信息。定义2bp窗口大小时，脚本将被终止。

使用.bam文件映射CpG坐标

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