在python中读取没有标题的.img医学图像

Question

我有一个没有头文件的放射线照片.img文件。但是，已发布该文件的研究人员已经提供了相关信息

High resolution (2048 × 2048 matrix size, 0.175mm pixel size)
Wide density range (12-bit, 4096 gray scale)
Universal image format (no header, big-endian raw data)

我正在尝试使用Python打开文件，但无法执行此操作。有人可以建议任何方法来阅读这个图像文件吗？

Answer 1

我通过下载JSRT database找到了一些与您相同的放射线图像。我在此数据库的第一张图片上测试了以下代码：JPCLN001.IMG。

import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np

# Parameters.
input_filename = "JPCLN001.IMG"
shape = (2048, 2048) # matrix size
dtype = np.dtype('>u2') # big-endian unsigned integer (16bit)
output_filename = "JPCLN001.PNG"

# Reading.
fid = open(input_filename, 'rb')
data = np.fromfile(fid, dtype)
image = data.reshape(shape)

# Display.
plt.imshow(image, cmap = "gray")
plt.savefig(output_filename)
plt.show()

它生成一个输出文件JPCLN001.PNG，如下所示：

我希望我已经回答了你的问题。 快乐的编码！

Answer 2

以防万一其他人正在查看这些图片并想要批量转换它们，或者想要在Python之外转换它们而不需要任何编程知识......你可以在终端的命令行中轻松转换它们{{1 （无论如何，它安装在大多数Linux发行版上，可用于OS X和Windows），如下所示：

ImageMagick

使它们成为压缩的16位TIF文件，可以在任何应用程序中查看。然后，由于我指定了convert -size 2048x2048 -depth 16 -endian MSB -normalize gray:JPCLN130.IMG -compress lzw result.tif 压缩，它们还占用了磁盘空间的一半而没有质量损失。

同样，如果您需要16位LZW文件，可以使用：

PNG