SimpleITK,读取元数据而不加载图像数组

时间:2017-12-17 09:30:40

标签: python medical simpleitk

我使用SimpleITK读取MetaImage数据。

有时我只需要访问元数据(存储在key = value .mhd文件中),但我发现这样做的唯一方法就是调用ReadImage这很慢,因为它加载了整个数组到内存中。

import SimpleITK as sitk

mhd = sitk.ReadImage(filename)
origin = mhd.GetOrigin()
spacing = mhd.GetSpacing()
direction = mhd.GetDirection()

有没有办法在不加载完整图像的情况下访问原点间距和方向?

1 个答案:

答案 0 :(得分:4)

ITK本身确实支持此功能,但SimpleITK不支持。

请使用项目创建功能请求: https://github.com/SimpleITK/SimpleITK/issues

更新:

此新功能已添加到1.1版本的SimpleITK主分支中。

以下是新界面的示例:

if len ( sys.argv ) < 2:
    print( "Usage: DicomImagePrintTags <input_file>" )
    sys.exit ( 1 )

reader = sitk.ImageFileReader()

reader.SetFileName( sys.argv[1] )
reader.LoadPrivateTagsOn();

reader.ReadImageInformation();

for k in reader.GetMetaDataKeys():
    v = reader.GetMetaData(k)
    print("({0}) = = \"{1}\"".format(k,v))

print("Image Size: {0}".format(reader.GetSize()));
print("Image PixelType: {0}".format(sitk.GetPixelIDValueAsString(reader.GetPixelID())));