我目前正在开展一个项目,要求我从MRI扫描中分割皮肤层,清理图像并将其写入表面文件以进行进一步处理。但是,我对3D医学图像处理没有太多经验(过去一年我一直在涉及VTK的表面)并且几乎没有任何图像处理经验。正如标题所示,扫描以Analyze格式(.hdr头和.img数据)提供,而我在其上运行的分割算法需要MetaImage(.mhd头和.raw数据)输入文件。目前,我正在通过在Volview中打开它来手动转换每个扫描,并保存为mhd卷。正如您可以想象的那样,这变得越来越乏味,所以我正在寻找自动化过程的最佳方法。
我使用Windows 7 64位,我安装了VTK 5.10.0.RC1,MinGw和Python 2.7的工作版本(和Matlab R2011a,虽然我目前没有使用它)。 Google使用ITK和Matlab展示了可能的解决方案。但是,安装上述软件包并让它们协同工作一直很麻烦,我非常不愿意改变当前的设置。我的计划并没有让时间在接下来的几周内调试隐藏的编译错误。
我的问题是:什么软件或方法会让我自动将Analyze转换为MetaImage文件,尽可能快速,轻松(安装)?
答案 0 :(得分:2)
对于像这样的事情(http://code.google.com/p/devide/),我真的可以推荐DeVIDE软件包。它包括您需要的一切,包括包含cmake,swig,Python,numpy,matplotlib,wxPython,gdcm,VTK,ITK和DeVIDE本身的Python发行版。此外,您可以通过可视化编程快速测试和原型化您的解决方案。
我不完全确定,但我相信您需要ITK才能使用Analyze格式,如果您不想解决安装问题,它也会包含在DeVIDE中。