医学影像数据-如何将.raw / mhd转换为Nifti / nii

Question

是否可以使用Python或任何其他语言将.raw / mhd图像数据转换为Nifti / nii？

我可以通过SimpleITK在python中加载.raw / mhd文件，如下所示： Reading *.mhd/*.raw format in python

import skimage.io as io
img = io.imread('file.mhd', plugin='simpleitk')

我很难导出具有适当尺寸的nii ...理想情况下会使用原始mhd文件中的标头信息...

谢谢

Answer 1

您应该能够使用SimpleITK。您将执行以下操作：

import SimpleITK as sitk

img = sitk.ReadImage("input.mhd")
sitk.WriteImage("output.nii")

如果您在python中没有SimpleITK，请按照以下步骤进行安装：     pip安装SimpleITK

SimpleITK尽最大努力保留所有标头信息，尽管它并不完美。希望可以保留体素尺寸。