如何处理解压缩hs37d5 fastq文件引起的尾随垃圾

Question

我真的试图解决这个问题，但似乎以前没有其他人遇到过这个问题。我从1000G解压缩了fastq文件：

gunzip -c **hs37d5.fa.gz** | awk '{if(NR%4==1) {printf(">%s\n",substr($0,2));} else if(NR%4==2) print;}' > ref.fa

解压缩的文件夹虽然有一些＆＃34;尾随垃圾＆＃34;它会导致以下错误：

  

＆＃34;线程中的异常＆＃34; main＆＃34; picard.PicardException：序列名称在引用中出现多次：NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN

尝试运行时：

java -jar picard.jar CreateSequenceDictionary R=ref.fasta O=ref.dict

如果有人能给我一点帮助，我们将不胜感激。