如何创建FASTQ序列文件？

Question

我有一个基因组数据库，其中包含一个简单的字符序列（如>chr1 AGTGTCA.....）。现在，我想将其转换为标准FASTQ format，如下所示：

@HWUSI-EAS594-R:1:3:1453:1350#0/1 
CCCAGTTCCGACGATCGATTTGCACGTCAGAATCGCTACGGACCTCCATCAGGGTTTCCCCTGACTTCGTCCTGACCAGG
+   
ea^cdfdffgggggggggggeggggdggdffgdbdgddgggg`g^dfbfgdggcfbgfffcb]gffbfcfcefbbBBBB

由于我不清楚这种格式，我无法转换它。如何将简单字符序列转换为FASTQ格式（如上例所示）？

具体来说，我在问：

1. 是否有任何现有代码可以进行编码？
2. 如果没有，我如何在FASTQ中编码字符序列？这种格式意味着什么，我该如何创建呢？

Answer 1

因为您只有序列而不是序列派生的quality (reliability) scores，所以认为您没有足够的信息来构建FASTQ文件。 （但我不是生物信息学专家。）相反，您应该继续使用仅包含序列信息的FASTA file format。