将适配器序列添加到fastq文件的末尾

Question

我有一个很大的fastq文件，我想添加序列＆＃34; TTAAGG＆＃34;到我的文件中的每个序列的末尾（第二行，然后每隔4行），同时仍然保持fastq文件格式。例如： 这是我开始的第一行：

@HWI-D00449:41:C2H8BACXX:5:1101:1219:2053 1:N:0:
GCAATATCCTTCAACTA
+
FFFHFHGFHAGGIIIII

我希望它打印出来：

@HWI-D00449:41:C2H8BACXX:5:1101:1219:2053 1:N:0:
GCAATATCCTTCAACTATTAAGG
+
FFFHFHGFHAGGIIIII

我认为sed或awk会对此有所帮助，但我还没有找到一种能让我保持fastq格式的解决方案。

我试过了：

awk 'NR%4==2 { print $0 "TTAAGG"}' < file_in.fastq > fileout_fastq 

将TTAAGG添加到第二行然后每隔四行，但它也删除了其他三行。

有没有人对我可以使用的命令行有建议，或者如果您知道目前可用的包可以执行此操作，请告诉我们！

Answer 1

尝试使用GNU sed：

 sed '2~4s/$/TTAAGG/' file