Question

我正在尝试编辑fastq文件，这只是一个用于存储DNA或RNA读数的文本文件。

在文件中，我只是将代码中的“ @”编辑为“ A”，将“ B”编辑为“ C”，依此类推，然后将更改的顺序写入新文件。

但是，在新文件中，引入了一些不可打印的字符，例如'^ F'，'^ B'等，而不是换行符。仅在少数几个地方而不是所有地方都做过，这就是为什么我不确定为什么会这样的原因。

#include <bits/stdc++.h>
#include <fstream>
using namespace std;

int main()
{
    ifstream in;
    ofstream out;
    in.open("file1.fq");
    out.open("newfile1.fq",ios::out|ios::app|ios::ate);
    while(!in.eof())
    {
        string head,plus,seq,qs;
        in>>head>>seq>>plus>>qs;
        if(head[0]!='@')
            continue;
        out<<head<<endl;
        for(int i=0;i<seq.size();i++)
        {
            if(seq[i]=='@')
                seq[i] = 'A';
            else if(seq[i]=='B')
                seq[i] = 'C';
            else if(seq[i] =='F')
                seq[i] = 'G';
            else if(seq[i]=='S')
                seq[i] = 'T';
        }
        out<<seq<<endl;
        out<<"+"<<endl;
        out<<qs<<endl;
    }
    in.close();
    out.close();
}

在这之间，新文件中引入了一些不可打印的字符，例如'^ B'，'^ F'等，这些字符在输入文件中不存在。

Answer 1

这个问题太老了，但我仍然想回答我的问题。问题不在于代码，而在于硬件。安装的新Ram出现了一些问题，因为通过此代码处理大型文本文件时引入了无法打印的字符。

为什么在编辑fastq文件并将输出写入新的fastq文件时引入不可打印字符？

1 个答案: