我在函数summarise = TRUE
中设置run.jags
,然后将输出对象保存为save(out, file="out.RData")
。
当我稍后加载此对象时,我可以检索摘要,图表等。
但是,当我使用完全相同的代码并运行模型并在Linux群集上保存输出时,稍后在Windows中加载对象以使用它,摘要和图表不可用。当我输入summary(out)
,print(out)
,plot(out)
或add.summaries(out)
时,收到以下错误消息:
错误:提供了无效的runjags.object;必须提供runjags函数(带有类'runjags')的输出
即使class(out)
返回"runjags"
。
事实上,names(out)
表明摘要(以及许多其他内容)未包含在输出中。帮助文件确实表明默认包含摘要/图表等。
是否有关于在Linux中运行模型的内容1)阻止生成摘要,或2)弄乱输出对象的类?
我当然可以使用coda包并执行out2 <- as.mcmc.list(out)
,然后我可以使用coda函数来处理输出。
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问题不在于Linux(见Matt Denwood的评论),而是runjags
的旧版本。我在Linux机器上更新了runjags
(好吧,我让系统管理员做了),这解决了问题。