Question

我正在通过R包runjags运行JAGS模型。我刚刚从JAGS 3.4更新到JAGS 4.0.0，并注意到一些似乎与更新有关的意外行为。

首先，当我运行模型时，我现在收到一条警告消息WARNING: Unused variable(s) in data table:，后跟一个在模型中引用并作为数据提供的数据对象列表。它似乎不会影响结果（但它非常令人费解）。然而，我在玩这个时已经注意了几次，对于某些变量，后验几乎与先验相同（表明没有更新）。我现在似乎无法重新创建更新失败，但下面是一个可重现的代码示例，说明奇怪的警告消息。 run.jags帮助页面上的代码示例也会产生相同的警告。

其次，我想如果我使用R包R2jags而不是runjags，我会检查是否会弹出相同的消息，但R2jags赢了＆＃39}。 t load因为显然rjags（其中一个依赖项）与JAGS 4.0（它正在寻找JAGS 3.X）不兼容。此外，在runjags函数run.jags中，参数method="rjags"似乎不再起作用，但method="parallel"确实有效。

我使用的是runjags_2.0.1-4和R 3.2.2。

所以我的问题是：

1）rjags是否真的与JAGS 4.0不兼容？转向4.0的动机是使用向量作为索引（参见https://martynplummer.wordpress.com/2015/08/16/whats-new-in-jags-4-0-0-part-34-r-style-features/）。

2）未使用的变量警告是什么，我应该关注它吗？

谢谢，格伦

代码：

#--- GENERATE DATA ------------------------
rm(list=ls())
# Number of sites and observations per site
N <- 200
nobs <- 3
# generate covariates and standardize (where appropriate)
set.seed(123)
forest <- rnorm(N) 
# relationship between occupancy and covariates
b0 <- 0.5  
b.for <- 0.5
psi <- plogis(b0 + b.for*forest)
# draw occupancy for each site
z <- rbinom(n=N, size=1,prob=psi)
# specify detection probablility
p <- 0.5
pz <- p*z
# generate the observations
Y <- rbinom(n=N, size=nobs,prob=pz)
#---- BUGS model ------------------------
model1 <- "model {
for (i in 1:N){ 
    logit(eta[i]) <- b0 + b.for*forest[i] 
    z[i] ~ dbern(eta[i])
    pz[i] <- z[i]*p
    y[i] ~ dbin(pz[i],nobs) 
} #i
b0.0 ~ dunif(0,1)
b0 <- log(b0.0/(1-b0.0)) 
b.for ~ dnorm(0,0.01)
p ~ dunif(0,1)
}"
occ.data1 <-list(y=Y,N=N,nobs=nobs,forest=forest)
inits1 <- function(){list(b0.0=runif(1),b.for=rnorm(1),p=runif(1),z=as.numeric(Y>0))}  
parameters1 <- c("b0","b.for","p")
#---- RUN MODEL ------------------------
library(runjags)
ni <- 2000
nt <- 1
nb <- 1000
nc <- 3
ad <- 100
out <- run.jags(model=model1,data=occ.data1,monitor=parameters1,n.chains=nc,inits=inits1,burnin=nb,
    sample=ni,adapt=ad,thin=nt,modules=c("glm","dic"),method="parallel")

Answer 1

回答你的问题：

1）rjags和JAGS使用链接（非可互换）版本，CRAN系统仍在使用JAGS_3.4.0，因此CRAN上的rjags版本匹配。这将很快更新，同时您可以从sourceforge页面获取正确版本的rjags，如@jbaums所述。

2）这是来自JAGS / rjags的有用信息，告诉您已将某些内容指定为模型未使用的数据。请记住，变量名称区分大小写，即

library('runjags')
model <- "model {
    m ~ dunif(-1000,1000)
    #data# M
    #inits# m
    #monitor# m
}"
M <- 0
m <- list(-10, 10)

results <- run.jags(model, method="interruptible", n.chains=2)
results <- run.jags(model, method="rjags", n.chains=2)

...给你一个警告，因为M与m不匹配。另请注意，警告看起来与两个函数调用略有不同 - 第一个是JAGS输出的中间位置，第二个是函数完成后的R警告。

至于“我应该关注” - 是的，如果您认为这些变量应该在您的模型中。如果您找不到问题，请尝试发布您正在使用的代码 - 它已从原始帖子中删除。

马特

runjags模型中

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