runjags摘要中的psrf值太低了？

Question

对于显然存在收敛问题的链，Runjags报告的psrf = 1.0047非常低：

> print(o, vars = "q_date2")

JAGS model summary statistics from 3000 samples (chains = 3; adapt+burnin = 1000):

         Lower95   Median   Upper95      Mean       SD    MCerr MC%ofSD SSeff    AC.10   psrf
q_date2 -0.17611 -0.10467 0.0053844 -0.087376 0.063296 0.023726    37.5     7 0.022495 1.0047

当我尝试使用coda计算psrf时，我得到的结果看起来更合理：

> gelman.diag(as.mcmc.list(o)[,'q_date2'], transform=FALSE, autoburnin=FALSE)
Potential scale reduction factors:

     Point est. Upper C.I.
[1,]       3.54       7.94

那么为什么runjags报告的psrf如此之低？这是runjags的问题，还是我做错了什么？

我在R 3.1.0中使用当前版本的runjags（1.2.1-0）。

编辑：在创建摘要期间，我收到了警告 - 抱歉之前没有提及：

Warning messages:
1: In autocorrs[x$stochastic] <- x$autocorr[4, ] :
  number of items to replace is not a multiple of replacement length
2: In psrfs[x$stochastic] <- x$psrf$psrf[, 1] :
  number of items to replace is not a multiple of replacement length

Answer 1

出现（从离线发送给我的信息）psrf正在被正确计算，但由于某些信息不适用于某些半随机监测变量，因此报告不按顺序报告。这个软件没有被软件选中的事实是我将要修复的错误！

与此同时，您可以（a）忽略输出中列出的摘要（）中的psrf，而使用RJout $ psrf（或您自己的代码），或者（b）删除受监视的变量（在这种情况下为M） ）导致问题的原因。 runjags的开发版本具有更好的解决方案（在返回模型后（摘要）计算汇总统计数据和绘图），并且在接下来的几个月内应该在CRAN上。

这也是一个很好的提醒，手动检查痕量图是MCMC分析的重要组成部分：）