Question

我在带有数据块和data =参数的任何模型中从run.jags（）获得了一些违反直觉的行为。它似乎使用run.jags的data参数作为实际模型，但在环境中搜索数据块中使用的任何内容。以下是一个非常简单的模型示例：

data {
    ylen <- length(y)
}
model {
    for (i in 1:ylen) {
        y[i] ~ dnorm(mu,1)
    }
    mu ~ dnorm(0,1/10^2)
}

如果我这样运行，我会收到错误：

> run.jags('trivial.jags',data=list(y=c(5,5,5,6)),monitor=c('ylen','mu'))
Error: The following error was obtained while attempting to parse the data:
Error in eval(expr, envir, enclos) : object 'y' not found

但是，如果我创建一个变量＆＃34; y＆＃34;在调用环境中使用它，但是以一种非常奇怪的方式：

> y<-c(-1,-1,-1)
> run.jags('trivial.jags',data=list(y=c(5,5,5,6)),monitor=c('ylen','mu'))
Compiling rjags model...
Calling the simulation using the rjags method...
Note: the model did not require adaptation
Burning in the model for 4000 iterations...
  |**************************************************| 100%
Running the model for 10000 iterations...
  |**************************************************| 100%
Simulation complete
Calculating summary statistics...
Note: The monitored variable 'ylen' appears to be non-stochastic; it will not be included
in the convergence diagnostic
Calculating the Gelman-Rubin statistic for 2 variables....
Finished running the simulation

JAGS model summary statistics from 20000 samples (chains = 2; adapt+burnin = 5000):

     Lower95 Median Upper95   Mean      SD Mode     MCerr MC%ofSD SSeff AC.10   psrf
ylen       3      3       3      3       0    3        --      --    --    --     --
mu    3.8339 4.9742  6.0987 4.9747 0.57625   -- 0.0040089     0.7 20661 0.011 1.0001

所以你可以看到它似乎使用了来自调用环境的y来计算长度，到达3，但是使用数据列表中的y值作为实际数据，到达mu = 5。

如果我使用rjags，它会按照我的预期工作，对数据块中的实际模型和派生变量的计算使用data =参数。

这是runjags中的错误吗？如何让它使用data =参数run.jags（）来计算数据块中的计算？

我在runjags_2.0.3-2和runjags_2.0.4-2

上尝试了这个

Answer 1

是的，这是runjags中的一个错误，由于您的清晰且可重复的示例，现在将为下一个版本修复错误！问题的根源在于尝试保持与BUGS模型文本的兼容性，该文本可以包括数据列表（这与JAGS使用的数据块不同）。

与此同时，可能的解决方法是在R中计算ylen并将其传递给数据列表中的JAGS（另请参见模型本身中的＃data＃构造），或者直接在模型中使用length（y）例如：

model {
for (i in 1:length(y)) {
    y[i] ~ dnorm(mu,1)
}
mu ~ dnorm(0,1/10^2)
}

希望有所帮助，

马特

run.jags搜索数据环境

1 个答案: