Question

我想从R中的ExpressionSet的phenoData中选择列。我要处理的数据是teset。

class(teset)
[1] "ExpressionSet"
attr(,"package")
[1] "Biobase"

teset
ExpressionSet (storageMode: lockedEnvironment)
assayData: 19420 features, 253 samples 
 element names: exprs
   protocolData: none
phenoData
  sampleNames: TCGA-CV-7091-01A-11D-2012-08 TCGA-CJ-4875-01A-01D-1373-10 ...
    TCGA-25-1626-01A-01W-0615-10 (253 total)
  varLabels: time status ... Tumor_grade (7 total)
  varMetadata: labelDescription
featureData
  featureNames: 1060P11.3 A1BG ... ZZZ3 (19420 total)
  fvarLabels: EntrezID Symbol Desc Synonyms
  fvarMetadata: labelDescription
 experimentData: use 'experimentData(object)'
Annotation:

协调teset的信息：

names(pData(teset))
[1] "time"            "status"          "Age"             "Gender"         
[5] "TCGA_tumor_type" "Tumor_stage"     "Tumor_grade"

我只想要一个没有pData中前两列的teset数据，即所有exprs数据都带有pData（teset）[， - c（1,2）]。我怎样才能做到这一点？谢谢你的帮助！

Answer 1

我自己通过创建一个新解决方案找到了解决方案。我希望可能有更好的一个：

te = ExpressionSet（assayData = exprs（teset），phenoData = phenoData（teset）[， - c（1,2）]）

从R中的ExpressionSet的phenoData中选择列

1 个答案: