由ExpressionSet对象的样本子集

Question

我有一个包含100个样本的ExpressionSet对象：

> length(sampleNames(eset1))
100

我还有75个样本的名称的向量（不是数据本身）：

> length(vecOf75)
75

如何根据75个样本名称对eset1进行子集（并保存）？也就是说，我想忽略那些名称未在eset1中列出的vecOf75中的样本。请记住，与75个样本名称对应的某些样本可能不在eset1中。因此，

> length(sampleNames(eset1))

现在应该给出一些＆lt; 75。

Answer 1

ExpressionSet可以像矩阵一样是子集，所以也许

eset2 = eset1[, sampleNames(eset1) %in% vecOf75]

或all(vecOf75 %in% sampleNames(eset1))然后只是

eset1[, vecOf75]

不确定'保存'是什么意思;保存（eset2，“some_file.rda”）或提取组件exprs(eset2)，pData(eset2)等，并使用write.table和其他标准R函数。

Answer 2

eset1 <- vecOf75[vecOf75 %in% eset1]这就是说，除了eset1那些vecOf75在eset1中的那些

使用数字的简单示例：

eset1 <- sample(1:100)
vecOf75 <- sample(1:200,75)
eset1 <- vecOf75[vecOf75 %in% eset1]

或者，您可以使用subset()但是，习惯于通过']'进行子集化在编程方面更有用。

subset(vecOf75, vecOf75 %in% eset1)