我使用以下脚本创建了热图:
RPKM_df= data.frame(GENES= table_tot_tissues$genes, RPKM)
dat = RPKM_df[,-1]
datmatrix= as.matrix(dat)
heatmap_RPKM= heatmap.2(datmatrix, trace = "none", Colv=FALSE, dendogram = 'row',
density = "none", col = bluered(20),
cexRow = 0.6, cexCol = 0.9, margins = c(8,14), scale = "row",
hclust =function(x) hclust(x,method = "average"))
我获得了这个热图:
但现在
我只需要提取称为ova和testes的列即可进行比较。
选择一些基因簇(表达最多的)来评估两个组织中的基因表达。