从热图选择列

时间:2019-02-26 17:55:51

标签: r heatmap

我使用以下脚本创建了热图:

RPKM_df= data.frame(GENES= table_tot_tissues$genes, RPKM)
dat = RPKM_df[,-1]
datmatrix= as.matrix(dat)
heatmap_RPKM= heatmap.2(datmatrix, trace = "none", Colv=FALSE, dendogram = 'row', 
                        density = "none", col = bluered(20), 
                        cexRow = 0.6, cexCol = 0.9, margins = c(8,14), scale = "row", 
                        hclust =function(x) hclust(x,method = "average"))

我获得了这个热图:enter image description here

但现在

  1. 我只需要提取称为ova和testes的列即可进行比较。

  2. 选择一些基因簇(表达最多的)来评估两个组织中的基因表达。

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