Question

我有一个由2列组成的数据框：度量1和度量2.我在下面提供了一个示例。我想从数据中创建一个热图。为了有效地执行此操作，我需要将每列中的值加起来。对于度量1，我希望bin大小为0.1，对于度量2，我想要bin大小为0.2。我可以使用下面的代码分配垃圾箱。

由此我认为下一个合乎逻辑的步骤是根据测量1和测量2的bin分配创建计数矩阵，然后绘制热图。

我有两个问题：

1）如何更改bin分配的名称？目前它们从1开始。我想命名这些箱子，因此箱子名称反映了箱子中的最大值，而不仅仅是1,2,3等。

2）如何从bin分配创建计数矩阵？

我期待着任何建议。感谢。

    #test dataframe
    hsim = matrix(rnorm(100 * 2, 1, 0.25), nrow=100, ncol=2, byrow=FALSE)
    colnames(hsim) = c("measure1", "measure2")
    hsim = as.data.frame(hsim)

    #bin measure 1 by bin size of 0.1
    FindBin.m1 = function(data){
      bin = seq(from=0.52, to=1.6, by=.1) #Specify the bins
      data$bin_index = findInterval(data$measure1, bin) #Determine which bin the value is in 
      }

    hsim$m1bin = FindBin.m1(hsim)

    #bin measure 2 by bin size of 0.2
    FindBin.m2 = function(data){
      bin = seq(from=0.4, to=1.6, by=.2) #Specify the bins
      data$bin_index = findInterval(data$measure2, bin) #Determine which bin the value is in 
      }

    hsim$m2bin = FindBin.m2(hsim)

    #how would I rename the bin indicies in the functions so that they reflect the max number in the bin?
    #for example, in FindBin.m1, bin index 1 represents 0.52 to 0.62. I want to name the bin 0.62 not 1

    #create a count matrix from the m1 and m2 bin assignments that can be used to plot a heatmap

    #plot heatmap
    heatmap(matrix.to.plot)

Answer 1

我想出了如何制作计数矩阵，并尝试使用ggplot作为数据帧。以下是我最后添加到上面的代码。

    hsim2 = hsim[,3:4]
    hsim2.t = table(hsim2)
    #basic heatmap using the count matrix
    heatmap(hsim2.t)

    hsim2.t2 = as.data.frame(hsim2.t)
    #make a nicer looking heatmap
    ggplot(hsim2.t2, aes(m1bin, m2bin)) + geom_tile(aes(fill = Freq)) + scale_fill_gradient(low = "white",high = "steelblue")

这对我来说足够好了。我会弄清楚箱子的重命名。希望这有助于其他人尝试做同样的事情。

从2个数据框列创建热图的矩阵

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