Question

我想将“数据数据”的数据帧转换为expressionSet。我按照这个链接设法得到了相同的（Expressionset - phenodata）。

所以我在这里得到我的表达式

> test
ExpressionSet (storageMode: lockedEnvironment)
assayData: 1000 features, 733 samples
  element names: exprs
protocolData: none
phenoData
  sampleNames: X8261 X8164 ... X7727 (733 total)
  varLabels: Batch gender
  varMetadata: labelDescription
featureData: none
experimentData: use 'experimentData(object)'
Annotation:

但是现在我想加载/使用这个对象/数据以便将它用于特定的R包“PVCA”（http://www.bioconductor.org/packages/2.12/bioc/vignettes/pvca/inst/doc/pvca.pdf），所以我这样做：

> data(test)
Warning message:
In data(test) : data set âtestâ not found

我收到此警告“未找到数据”。任何人都可以帮助我知道为什么我会这样做？我该怎么做才能加载我的数据并克服这个问题？

提前致谢..

Answer 1

data是一个函数，它返回包的作者包含在包中的数据集。如果您的目标是跨R会话保存ExpressionSet（这不是必须使用PVCA，只需在创建ExpressionSet的同一会话中使用library(PVCA)），然后使用

save(test, file="test.Rda")

在一个会话中

load("test.Rda")

在另一个。

R：“ExpressionSet”数据未加载

1 个答案: