Question

我试图在R应用Biostrings包中获得DNA序列的反向互补。序列的长度大约是900，我想完全看到它，但R显示了一个抽象版本，代码之间有一些点。无论如何完全得到它？

> library("Biostrings")
> d <- DNAString("CTGTTGAAGCGTCAGATGGATAAGCATCCATAATTTACTGTCCATATCCAAGACCTCATAGTATTCCTCGGGCATGAATTTAATTGGCGGGGTCGGGGTTCAAGTAAGCCGTATTTTGGCTTCGCCGCCGCGAATTTGAATGCGAGGCGTCTCCTCAAAGATGAGTAACGGCGTCCTGGGCTTCACAGAACTTTCGTGAGAAAACTCTAAGACTCTACAGAGATCACAAATGGTTTCAGCCCAGACTCTATTACTTGGGAGTAAGGGGGTTGACAACTCGCCACTCTATTTCCCATCATCTGCCCGCAGCTGCGACTGGGCCGAACCGAGATGGATATAGGAATAAAATGTGGTGGTGTTGCCGTGCTCTTTTCGTCCGCGTGTCCATGGCGAGGACAGCTATTTTCCTCTAAAGCCCATGTAGATCGCCTCGATCCCTCGTAAGACCCGGCTGCAGTCTGACGCCCCGACAAATAAGCTACCGCCTCCTAAACCATCCCCGATTCAGATGCGTGCTAACTTCGTGTTTCGGCCTAGCTTTAAGGGTACCGTCAGTCACCGCGACTCATAGCTGTACTCCTTCAGAATAAGGTAGTCCCGATCGTACACGTAGCTACAGAGGTATCAGACACGAGCTCGCGTCAATTCGACTCTTCGAGGCTGTGTGCCCCAGCTCCTCAGGGATCGCAATTTAGCAATCAAGAGATCTTGCCTCGTATCAATGATTTTCGCAGTTGGGTTCACGCCCCCTACAATAGCGCACCGCCTGTGTGCAAAGAAATTTTCTGGTACGTAAGATTCGAGGGAGTAGGGACGAAACATTCATGGCGATAGCAGATTTCCGAGGGCTACGGTGTAGCGGATACTAACCTCCGCGTGGTATAGATAGATACTTACCAAGGACACATGCTCTTCCTGTATAGCCGTTCCCG")
> rc <- reverseComplement(d)
> rc
  932-letter "DNAString" instance
seq: CGGGAACGGCTATACAGGAAGAGCAT...TGCTTATCCATCTGACGCTTCAACAG

Answer 1

您可以使用toString或as.character。

请参阅documentation on coercion of XStrings：

描述

DNAString，RNAString和AAString类是类似的容器，但具有更多以生物为导向的目的   存储DNA序列（DNAString），RNA序列（RNAString）或a   氨基酸序列（AAString）。

所有这些容器直接派生（并且没有额外的插槽）   来自XString虚拟类。

胁迫

在下面的代码片段中，x是一个XString对象。

as.character(x)：将x转换为字符串。

toString(x)：相当于as.character（x）。

如果您执行class(rc)，则会看到它是DNAString，因此本文档适用。

Answer 2

只需使用as.character：

> d = DNAString(paste0(sample(c("A","C","T","G"),600,TRUE),collapse=""))
> d
  600-letter "DNAString" instance
seq: CACATTTCTGAAGGTGTTGAGCGGCATCATATAAAC...CATAAACATAATTGCTTGTTTAGTCTACCAAACGCT
> as.character(d)
[1] "CACATTTCTGAAGGTGTTGAGCGGCATCATATAAACGCTCCCCCTTCAACTGTATAGTCCGGCACAGTAGGCTTAGGATATCACCGATGTGTCCGCCACGAAGCTCGAAGACCCGCCTCAAACAGGGCGCACGACCCGCTATATCCAACAATGAGTTCGACCCTGGATCCGTGCATTACATAGGCGACATGTGTGAAAAACTTTGCGTATCTCGGGCTTGCGCCTTTACTCCATGACTTTCTTTCGAACCTTAAATGACTGGTGCATACCCCTGCTTGTCCGTAAGGGAACGGACGGTTGGTATATCTTGAGCACGAGTAAGGGCGCTGATACCCCTTTGCTCGTCATTGATGGGCCAATGTGATGTTGACGTTGCTTGAAGGATTGTACTGGGGTTAATTTTTACGGGCGGAATTGGCTTCACAGTAATACGGACTGTGTAACAAGCGAGCCCCTTAAACGTGCAGACACTAAATAGCGGGCGAGTTACCTTTCATCAGGCACAGGTTAACTTTGGAAAAGGTCCACTTGAACCTCATTTGAAACCAAAGACCGTTATATATGCATAAACATAATTGCTTGTTTAGTCTACCAAACGCT"

请注意，由于BioStrings努力提高处理长字符串的效率，因此您不希望这样做太多。如果您尝试将其写入文件，还有其他方法可以...

获得R中Biostrings对象的长DNA序列的完整视图

2 个答案:

描述

胁迫