Question

是否可以使用自由格式搜索术语以编程方式（最好是python）查询所有Ensembl，类似于他们的Web UI所做的事情？ REST API似乎根本不支持搜索项查询，而其他直接与MySQL数据库交互的API，如PyCogent，一次只能查询一个物种（考虑到公共MySQL数据库的结构，这是有意义的，但是意味着用40多个请求搜索所有物种的垃圾邮件......）。

我真正想要的是能够做如下的事情：

session = Connect(Ensembl)
matches_list = session.search("MyPetGene")

我怀疑这是不可能的，但我认为在黑客攻击更复杂的事情之前，我会把它扔给互联网的集体大脑。

Answer 1

使用pymysql进行查询...这是想要查询ensembl数据库的人的代码示例。非常感谢，这不能直接回答您的问题，但是合奏架构分为多个类，请参见https://www.ensembl.org/info/docs/api/core/core_schema.html

import pymysql

db = pymysql.connect("ensembldb.ensembl.org","anonymous","","homo_sapiens_core_95_38" )
cursor = db.cursor()
cursor.execute("select * from gene limit 200;")
myresults = cursor.fetchall()
for x in myresults:
    print(*x)
cursor.close()
db.close()

查询Ensembl

1 个答案: