EnsEMBL Perl API连接错误

时间:2018-05-07 23:37:00

标签: perl

我刚刚在Biostars上发布了这个,但我认为这可能更合适。

我正在尝试使用EnsEMBL Perl API。上周,这与我正在使用的主机完美配合。一周之后我又回来了,在这个错误的同时没有任何变化。

在API网页上,我的代码包含以下内容:

Bio::EnsEMBL::Registry->load_registry_from_db(
  -host    => 'ensembldb.ensembl.org',
  -user    => 'anonymous',
  -verbose => '1'
);

这曾经很好用,但我现在得到的错误是:

-------------------- EXCEPTION --------------------
MSG: Cannot connect to the Ensembl MySQL server at ensembldb.ensembl.org:3306; check your settings & DBI error message: Host **<IP address redacted>** is blocked because of many connection errors; unblock with 'mysqladmin flush-hosts'
STACK Bio::EnsEMBL::Registry::load_registry_from_db ../ensembl/modules/Bio/EnsEMBL/Registry.pm:1769
STACK toplevel ./connect.pl:13
Date (localtime)    = Mon May  7 16:21:29 2018
Ensembl API version = 92
---------------------------------------------------

我连接到我的本地mysql并按照它的要求执行了FLUSH HOSTS,但它没有帮助。我还尝试查看之前的帖子,看看之前是否发生了这种情况 - 当它与ensembl改变时,它与BiomaRt一起发生了。

这个错误会发生在其他人身上还是只发生在我身上?我试图弄清楚这是在我的最后还是结束。当我使用ping_ensembl.pl脚本时,它有同样的错误。

1 个答案:

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我没有得到任何回复,但没关系。我发布了跟进报告,以防万一将来遇到这个问题。

这个问题在一夜之间解决了。问题不在于我。