我正在使用VEP(变体效应预测器)独立的Perl脚本来注释一些变体,它连接到Ensembl MySql数据库。 我以前使用相同的脚本,但没有任何问题。 但是现在我得到了这个错误:
DBI connect('host = ensembldb.ensembl.org; port = 3337','anonymous',...) 失败:在读取授权时失去与MySQL服务器的连接 封包”,系统错误:110 at /home/sara/Documenti/bin/vep/ensembl-vep/Bio/EnsEMBL/Registry.pm行 1769。
--------------------例外-------------------- MSG:无法连接到在ensembldb.ensembl.org:3337上集成MySQL服务器; 检查您的设置和DBI错误消息:失去与MySQL的连接 服务器在“读取授权数据包”中,系统错误:110 STACK Bio :: EnsEMBL :: Registry :: load_registry_from_db /home/sara/Documenti/bin/vep/ensembl-vep/Bio/EnsEMBL/Registry.pm:1769 STACK Bio :: EnsEMBL :: VEP :: BaseVEP :: registry /home/sara/Documenti/bin/vep/ensembl-vep/modules/Bio/EnsEMBL/VEP/BaseVEP.pm:252 堆栈生物:: EnsEMBL :: VEP :: BaseRunner :: setup_db_connection /home/sara/Documenti/bin/vep/ensembl-vep/modules/Bio/EnsEMBL/VEP/BaseRunner.pm:120 STACK Bio :: EnsEMBL :: VEP :: Runner :: init /home/sara/Documenti/bin/vep/ensembl-vep/modules/Bio/EnsEMBL/VEP/Runner.pm:118 STACK Bio :: EnsEMBL :: VEP :: Runner :: run /home/sara/Documenti/bin/vep/ensembl-vep/modules/Bio/EnsEMBL/VEP/Runner.pm:194 STACK顶层/ home / sara / Documenti / bin / vep / ensembl-vep / vep:224日期 (当地时间)= 2018年8月2日星期四11:30:01
使用端口3306代替端口3337,一切正常。但是我需要使用端口3337才能使用人类GRCh37参考基因组,而端口3306则用于GRCh38。
我正在使用Ubuntu 16.04.4 LTS,并且防火墙处于非活动状态。
有什么问题的建议吗?