在端口3337上与Ensembl VEP脚本的连接失败

时间:2018-08-02 13:27:28

标签: mysql bioinformatics

我正在使用VEP(变体效应预测器)独立的Perl脚本来注释一些变体,它连接到Ensembl MySql数据库。 我以前使用相同的脚本,但没有任何问题。 但是现在我得到了这个错误:

  

DBI connect('host = ensembldb.ensembl.org; port = 3337','anonymous',...)   失败:在读取授权时失去与MySQL服务器的连接   封包”,系统错误:110 at   /home/sara/Documenti/bin/vep/ensembl-vep/Bio/EnsEMBL/Registry.pm行   1769。

     

--------------------例外-------------------- MSG:无法连接到在ensembldb.ensembl.org:3337上集成MySQL服务器;   检查您的设置和DBI错误消息:失去与MySQL的连接   服务器在“读取授权数据包”中,系统错误:110 STACK   Bio :: EnsEMBL :: Registry :: load_registry_from_db   /home/sara/Documenti/bin/vep/ensembl-vep/Bio/EnsEMBL/Registry.pm:1769   STACK Bio :: EnsEMBL :: VEP :: BaseVEP :: registry   /home/sara/Documenti/bin/vep/ensembl-vep/modules/Bio/EnsEMBL/VEP/BaseVEP.pm:252   堆栈生物:: EnsEMBL :: VEP :: BaseRunner :: setup_db_connection   /home/sara/Documenti/bin/vep/ensembl-vep/modules/Bio/EnsEMBL/VEP/BaseRunner.pm:120   STACK Bio :: EnsEMBL :: VEP :: Runner :: init   /home/sara/Documenti/bin/vep/ensembl-vep/modules/Bio/EnsEMBL/VEP/Runner.pm:118   STACK Bio :: EnsEMBL :: VEP :: Runner :: run   /home/sara/Documenti/bin/vep/ensembl-vep/modules/Bio/EnsEMBL/VEP/Runner.pm:194   STACK顶层/ home / sara / Documenti / bin / vep / ensembl-vep / vep:224日期   (当地时间)= 2018年8月2日星期四11:30:01

使用端口3306代替端口3337,一切正常。但是我需要使用端口3337才能使用人类GRCh37参考基因组,而端口3306则用于GRCh38。

我正在使用Ubuntu 16.04.4 LTS,并且防火墙处于非活动状态。

有什么问题的建议吗?

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