我刚加入到python和biopython工作,喜欢连接Ensebml并获取一些序列和其他数据,如TSS,一些基因列表等等。但我的问题是我似乎无法找到任何方法或模块biopython这样做。我知道这是使用Ensembl API在perl中非常常规的事情。 我真的很感激,如果有人告诉我或指向我一个文件,看看这些事情是如何在biopython中完成的。 谢谢
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BioStar有a similar question and a few answers。
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您需要使用并安装pyCogent模块。那么与Ensembl有关的具体位在这里:http://pycogent.org/examples/query_ensembl.html
根据您的目的,您可能更喜欢使用Ensembl中的REST API:http://beta.rest.ensembl.org