我们有一个包含带注释的蚊子基因组的本地EnsEMBL MySQL数据库。
PyCogent烹饪书指出Here您可以通过cogent.db.ensembl.HostAccount模块从本地MySQL EnsEMBL数据库访问/查询数据。 Here是PyCogent的ensembl-api的源代码。
但我无法访问数据，因为函数假定先验我知道物种的确切名称（字符串）我试图查询其基因组...在线搜索数小时后，我如果有人能告诉我如何列出物种名称（PyCogent会理解），我会非常感激，这样我最终可以在本地数据库中查询基因组数据。
此代码显示我的问题，请注意评论：
Release = 73
from cogent.db.ensembl import HostAccount, Genome
acc = HostAccount('localhost', 'username1', 'password1') # login details to MySQL server
genome = Genome(Species='?????',Release=73,account=acc) # Where can I find the available Species list so I can replace the '?????'
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在来自@ dpryan79（来自Biostars）的有用提示之后，我查看了PyCogent的源代码，结果证明我可以通过实际登录MySQL服务器并列出数据库来查看物种名称的唯一方法，数据库名称本身需要一个命名约定，其中由下划线（_）分隔的前两个字符串分别是属和种类名称。
所以通过终端登录mysql服务器：
mysql -hlocalhost -uuser1 -ppass1
然后输入：
SHOW DATABASES
我可以通过查看每个数据库的名称来查看可用的物种，特别是由下划线分隔的前两个字符串，例如列出了以下数据库：
anopheles_gambiae_core_1312_73_1
anopheles_arabeinsis_core_1312_73_1
anopheles_funestus_core_1312_73_1
anopheles_gambiaeM_core_1312_73_1
建议我提供以下物种：anopheles gambiae, anopheles arabeinsis, anopheles funestus和anopheles gambiae type M