chip-seq与多重读取对齐

Question

我有两个Chip-Seq样本，我想要执行它的第一步，所以按照两种策略将它们与参考对齐：

1. 删除与多个网站匹配的所有读取
2. 用于与多个站点匹配的读取，将它们绑定到随机站点

据我了解，（2）可以使用-a中的选项bowtie2来完成。我对吗？关于如何遵循（1）？

的一些建议