ChIP-seq数据集重叠区域的超几何测试

Question

我有三个来自ChIP-seq实验的基因组峰区的不同床文件。我正在使用R库phyper来进行超几何测试。为此，我需要样本大小的值，样本中的重叠区域，种群大小以及人口中重叠区域的预期数量。

获得种群大小（全基因组中峰区数）的一种方法是基因组大小除以峰区的中值长度。但是，我不确定整个群体（基因组）中重叠区域的数量是多少。

换句话说，对于phyper输入，我需要四个值：

phyper(q, m, n, k, lower.tail = TRUE, log.p = FALSE)
where, n = x - m

1. q =样本中的成功事件数。在我的情况下，它是3床文件的重叠峰区域。

2. m =人口成功的数量。在这种情况下，如果我们采用整个基因组，它是可能的重叠峰区域的值。我没有这个价值。

3. x =整个人口中的峰值区域数量。就我而言，它是整个基因组中可能的峰区数量。我也没有这个价值。

4. k =样本量。在我的情况下，它是3个床文件中没有重复的峰值区域的总数。

现在，我的问题是如何生成x和m的值来进行超几何测试。或者，这是最好的方法吗？提前致谢。