我一直用spp处理一些ChIP-seq数据。我查看了文献，看来spp被认为是一个很好的程序（ENCODE使用它）。我找到并修改了我发现的使用spp的两个教程，https://sites.google.com/a/brown.edu/bioinformatics-in-biomed/spp-r-from-chip-seq和http://compbio.med.harvard.edu/Supplements/ChIP-seq/tutorial.html我也读过这篇论文... ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19029915。我还通过电子邮件发送了Karchencko教授并在bioconductor listserv上发布 - 所有内容都没有回复。我的问题是关于MSER和预测的测序深度 - spp的额外输出。那么我认为MSER是一个得分值，高于这个得分值是权威决定的吗？当我看到高于这个得分值的峰值时，他们的定义非常明确。此外，预测的测序深度是否是必要的附加“标签”数量的预测，以便MSER和FDR值重合？很难找到关于这个项目的正确信息。非常感谢任何建议或其他信息！
TIA