Question

我有一个轨迹文件，模拟20,000帧，每帧之间有5 ps的时间，我想要做的是计算二维（x和y轴）的扩散。但是为了计算2D中的扩散，首先我必须计算所研究分子的均方位移。 MSD计算分子在随机游走中探索系统所需的平均时间。

我是python编程的新手，我真的想要一些帮助来解决这个问题并解决这个问题。希望得到积极的回应。

Answer 1

MSD就像听起来它是均方位移一样，所以你需要做的是找到每个位置的位置差（r（t + dt）-r（t））然后将其平方最后采取的意思。首先，你必须从x和y找到r，这很容易。我将假设你从这里开始使用numpy。

argv[1]

现在这是计算MSD的一般方法，那么你可以比较布朗运动，其中MSD = 4Dt大约在2维。