Question

我需要一些帮助来理解我想要使用的功能，但我不完全确定它的某些部分是做什么的。我知道该函数是从Fasta文件的读取创建字典。根据我的理解，这应该生成前缀和后缀词典，以最终扩展重叠群（重叠dna序列）。代码：

def makeSuffixDict(reads, lenSuffix = 20, verbose = True):
    lenKeys = len(reads[0]) - lenSuffix
    dict = {}
    multipleKeys = []
    i = 1
    for read in reads:
        if read[0:lenKeys] in dict:
            multipleKeys.append(read[0:lenKeys])
        else:
            dict[read[0:lenKeys]] = read[lenKeys:]
        if verbose:
            print("\rChecking suffix", i, "of", len(reads), end = "", flush = True)
            i += 1
    for key in set(multipleKeys):
        del(dict[key])
    if verbose:
        print("\nCreated", len(dict), "suffixes with length", lenSuffix, \
            "from", len(reads), "Reads. (", len(reads) - len(dict), \
            "unambigous)")
    return(dict)

其他信息：reads = readFasta("smallReads.fna", verbose = True)

这是函数的调用方式：

if __name__ == "__main__":
    reads = readFasta("smallReads.fna", verbose = True)
    suffixDicts = makeSuffixDicts(reads, 10)

smallReads.fna文件包含碱基字符串（Dna）：

“＆gt;读取1

TTATGAATATTACGCAATGGACGTCCAAGGTACAGCGTATTTGTACGCTA

“＆gt;读取2

AACTGCTATCTTTCTTGTCCACTCGAAAATCCATAACGTAGCCCATAACG

“＆gt;阅读3

TCAGTTATCCTATATACTGGATCCCGACTTTAATCGGCGTCGGAATTACT

以下是我不理解的部分：

lenKeys = len(reads[0]) - lenSuffix

值[0]是什么意思？据我所知，“len”返回列表中的元素数量。为什么“自动”读取列表？编辑：似乎Fasta文件可以声明为List。任何人都可以证实吗？

if read[0:lenKeys] in dict:

这是否意味着“从0到'lenKeys'”？仍然对价值感到困惑。在另一个函数中有一个类似的行：if read[-lenKeys:] in dict: “ - ”做什么？

def makeSuffixDict(reads, lenSuffix = 20, verbose = True):

这里我不明白参数：reads如何成为参数？除了从lenSuffix = 20中减去的值之外，此函数上下文中的len(reads[0])是什么？什么是冗长的？我已经阅读过关于“verbose-mode”忽略空格的内容，但我从未将其用作参数，后来又用作变量。

Answer 1

你问题的语气让我觉得你把程序功能（len，函数等）与原始程序员定义的东西（reads的类型混淆， verbose等。）

def some_function(these, are, arbitrary, parameters):
    pass

此函数定义了一堆参数。它们根本不是意味着任何东西，除了我隐含给它们的价值。例如，如果我这样做：

def reverse_string(s):
    pass

s可能是一个字符串，对吗？在您的示例中，我们有：

def makeSuffixDict(reads, lenSuffix = 20, verbose = True):
    lenKeys = len(reads[0]) - lenSuffix
    ...

从这两行我们可以推断出一些事情：

该函数可能返回字典（来自其名称）
lenSuffix是int，verbose是bool（来自默认参数）
reads可以编入索引（string？list？tuple？）
reads内的项目有长度（字符串？列表？元组？）

由于Python是动态类型的，因此到目前为止，这是关于该函数的所有我们都知道。其余的将通过其文档或其调用方式来解释。

那就是说：让我按顺序覆盖你所有的问题：

值[0]的含义是什么？

some_object[0]正在抓取容器中的第一项。 [1,2,3][0] == 1，"Hello, World!"[0] == "H"。这称为索引，由__getitem__魔法
管理

根据我的理解，“len”返回列表中元素的数量。

len是一个内置函数，它返回一个对象的长度。它由__len__魔法控制。 len('abc') == 3，也是len([1, 2, 3]) == 3。请注意len(['abc']) == 1，因为它正在测量列表的长度，而不是其中的字符串。

为什么“自动”读取列表？

reads是一个参数。它是调用范围传递给它的任何东西。它似乎确实期望一个列表，但这不是一个严格的规则！

（关于切片的各种问题）

切片正在进行some_container[start_idx : end_idx [ : step_size]]。它完全符合您的期望："0123456"[0:3] == "012"。切片索引被认为是零索引并且在元素之间放置，因此[0:1]与[0]相同，除了切片返回列表，不是单个对象（所以'abc'[0] == 'a'而是'abc'[0:1] == ['a']）。如果省略开始或结束索引，则将其分别视为字符串的开头或结尾。我不会在这里进步。

负指数从后面开始计算，因此'0123456'[-3:] == '456'. Note that [ - 0] is not the last value, [ - 1] is. This is contrasted with [0]`是第一个值。

如何读取参数？


因为该函数定义为makeSuffixDict(reads, ...)。这就是参数。

此函数的上下文中lenSuffix = 20是什么


看起来它是预期后缀的长度！

什么是verbose？


verbose本身没有任何意义。这只是另一个参数。看起来作者包含了verbose标志，因此您可以在函数运行时获得输出。请注意，所有if verbose块似乎都没有做，只是向用户提供反馈。

理解Python函数

1 个答案: