R-INLA:随机效应逻辑回归

时间:2015-05-04 12:08:46

标签: r logistic-regression

我正在尝试使用INLA来拟合随机效果混合模型,之前曾试图在频率论方法下使用“glmer”。由于我的数据中存在大量随机效应,因此无法收敛。

数据来自病例对照类型研究(1 =病例,0 =对照),并计算每个样本的风险因子列表(x1,x2,x3 ......)。所有变量都分组,数据如下:

res    age            breed   x1  x2  location
0      1 (0-1 yrs)    beef     1    1     A1
0      2 (1-2 yrs)    dairy    1    2     A1
1      1              beef     1    2     B2
0      1              beef     2    1     C1
1      3 (>3 yrs)     dairy     3    3     B1
1      2              beef      1    1     A1
0      3              beef      2    1     B4
...     ...                ...          ..    ..  

大约有20,000个数据点,有9000个不同的位置。我使用的INLA程序是:

formula <- res ~ age + breed + x1 + x2 + x3 + f(location, model = "iid")
model <- inla(formula, data = data, family = "binomial", Ntrials = 1, control.compute = list(dic = TRUE, cpo = TRUE))

标准逻辑回归(不包括随机效应)的结果在“glm”和INLA之间提供了类似的参数估计,但是当模型结构中包含随机效应时,参数估计(在logit标度中)增加了2以上倍。这意味着在解释优势比时,它会呈指数增长(即exp(参数估计)),这似乎没有意义,因为优势比为40 ......

我的问题:适用于此类分析的INLA模型规范(“iid”)是什么?如果是这样,我如何根据不同风险组之间的比值比来解释结果? (使用“rw2”似乎给出了合理的估计,但我不能解释这种方法下的随机效应估计)

Fixed effects:
                     mean     sd 0.025quant 0.5quant 0.975quant     mode kld
(Intercept)      -10.8871 0.4949   -11.8440 -10.8927    -9.9506 -10.9516   0
age_2               3.8959 0.3272     3.2739   3.8889     4.5581   3.8746   0
age_3               4.1865 0.3421     3.5346   4.1797     4.8772   4.1659   0
breedDairy         1.2053 0.1365     0.9393   1.2046     1.4746   1.2032   0
x1_2                 4.8721 0.4258     4.0498   4.8682     5.7156   4.8600   0
x1_3                 4.1444 0.3322     3.5055   4.1408     4.8039   4.1337   0
x2_2                -1.0174 0.2727    -1.5485  -1.0189    -0.4782  -1.0220   0
x2_3                 1.9669 0.4119     1.1570   1.9672     2.7744   1.9677   0

Random effects:
Name      Model
 location   IID model 

Model hyperparameters:
                                     mean     sd 0.025quant 0.5quant 0.975quant   mode
Precision for location 0.0621 0.0051     0.0536   0.0615     0.0734 0.0602

Expected number of effective parameters(std dev): 4174.80(49.56)
Number of equivalent replicates : 4.458 

Deviance Information Criterion: 7865.86
Effective number of parameters: 2875.54

Marginal Likelihood:  -5074.21 
CPO and PIT are computed

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