用少量变体(SNP)测试R中的epistatis效应

时间:2016-10-11 17:37:23

标签: r logistic-regression

我正在尝试用大约50个snps测试遗传数据集中的epistatis效应(SNP编码为0,1,2)。基本上我想测试SNP是否具有阳性或阴性的epistatis或只是加性效应对疾病状态。所以我要测试的公式是:

disease ~ snp1 + snp2 + covariates

并且最好稍后

disease ~ snp1 + snp2 + snp3 + covariates
disease ~ snp1 + snp2 + snp3 + snpn + covariates

但是让我们在开始时保持简单。这种疾病以0对1的方式编码,我还有其他几个协变量,包括10个PCA,年龄,性别和(分类)样本来源...... 有谁知道我应该在R中使用哪个函数来计算这些测试的p值?

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