从一些人类单核苷酸多态性（SNP）开始，如何查询所有已知SNPS的数据库，以便生成1000个左右最近的SNPS，天气与否的列表（data.table或csv文件） SNP是一个tagSNP，它的次要等位基因频率（MAF）是多少，它与起始SNPS的距离是多少？
我更愿意在R中这样做（尽管不一定如此）。我应该使用哪个数据库？我唯一的出发点是列出起始的snps（例如rs3091244，rs6311等）。
我确信有一个很好的简单Bioconductor包可能是我的出发点。但是什么？你做过吗？我想它可以在大约3到5行代码中完成。
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同样这是偏离主题的，但你实际上可以通过BROAD的这个基于Web的工具完成你提到的所有事情：
http://www.broadinstitute.org/mpg/snap/ldsearch.php
您只需输入一个snp，它会为您提供周围的snps窗口，您也可以导出到csv。
祝你的遗传项目好运！