Question

我有一组来自基因组不同部分的SNP及其在各种群体和感兴趣的群体中的等位基因频率。我想绘制所有22个常染色体的SNP基因组坐标的等位基因频率。

基本上，我想从Sankararaman等人那里得到类似图1A的东西。（2014）（http://www.nature.com/nature/journal/v507/n7492/fig_tab/nature12961_F1.html）除了Y轴是频率之外，所有种群都在同一个图上（没有分开），我会有彩色点而不是尖峰。

我的数据格式是这样的（MAF =次要等位基因频率，这是我想要绘制的图形）

CHR    SNP        COORD   CLST   A1   A2    MAF    MAC  NCHROBS
1   rs16823303  2903159  Region  G    A   0.01887   4     212

（它遍历区域的所有SNP，然后它为下一个区域执行它们，依此类推）

有关如何在R中执行此操作的任何建议？谢谢！

Answer 1

对于坐标与频率的简单绘图，这里有一个例子：

#Example data:
MAF=runif(1000,min=0,max=1)
COORD=runif(1000,min=0,max=100000)
test.df=data.frame(COORD,MAF)

#plot
plot(test.df$COORD,test.df$MAF)

在图中，您不需要示例数据，但需要将您的表名替换为test.df。

如果你需要用颜色/标签等美化它，也可以这样做：

plot(test.df$COORD,test.df$MAF, col="red", pch=18)

OR

library(ggplot2)
p=ggplot(test.df,aes(COORD,MAF))
p + geom_point()

Answer 2

我认为这是非常普遍的Q，而不是与Q相关的程序。我不确定是否有任何适当的资源可以在SO中标记以获得答案（可能是谷歌基因组学，但是更多的是解决您的代码问题）。但是，我可以向您指出您可以开始使用的Web上的一些资源。

您可以从这些开始，当您遇到路障时，您可以粘贴无法在SO中成功运行的代码。