如何删除缺少名称的snps

Question

我有1000 G数据集，它是PLINK格式，有一些名称为"."的snps，PLINK中是否有任何方法我可以删除该snps？

我尝试了无效的bcftool视图。

Answer 1

执行以下命令

 plink --bfile $YOUR_GENOTYPE_FILE --extract SNPS_TO_EXCLUDE.txt --make-bed --out $NEW_GENOTYPE_FILE

其中$变量是您所需的PLINK BED / BIM / BAM文件前缀。

SNPS_TO_EXCLUDE.txt看起来像什么？来自PLINK website：

  

--extract通常接受带有变体ID列表的文本文件（通常每行一个，但它们可以用空格分隔），并从当前删除所有未列出的变体分析。

     

--exclude对所有列出的变体都做同样的事情。

因此，SNPS_TO_EXCLUDE.txt应包含一行＆＃34; .＆＃34;。