我在R中有一个很大的Data_Set和SNP
OAR19_64675012.1 OAR19_64803054.1 OAR1_88143.1 s09912.1 s36301.1
1 1 2 2 0
1 1 1 0 1
1 1 2 1 2
0 2 2 1 0
...
> dim(data2)
[1] 501 42844
我想使用SNPassoc库来进行质量控制。所以我必须这样做:
mydt<- setupSNP(data2)
作为http://davinci.crg.es/estivill_lab/tools/SNPassoc/SupplementaryMaterial.pdf 说。
上一个命令的输出是:
Error in as.data.frame.default(x[[i]], optional = TRUE, stringsAsFactors = stringsAsFactors) :
cannot coerce class ""try-error"" to a data.frame
In addition: Warning message:
In mclapply(data[, colSNPs, drop = FALSE], snp, sep = sep, ...) :
all scheduled cores encountered errors in user code
我刚刚对此进行了搜索,但我无法修复它...... 如果有人对此有任何想法,如果她/他发布了某些内容,我会贬低
提前谢谢大家......
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我们遇到了同样的问题-在某些SNP列中列出了该问题,这些问题已计入3个基因型限制。将这些设置为NA可以解决问题。