不能强迫上课＆＃34;＆＃34;尝试错误＆＃34;＆＃34;到SNP中的data.frame

Question

我在R中有一个很大的Data_Set和SNP

OAR19_64675012.1 OAR19_64803054.1 OAR1_88143.1 s09912.1 s36301.1
              1                1            2        2        0
              1                1            1        0        1
              1                1            2        1        2
              0                2            2        1        0

...

> dim(data2)
[1]   501 42844

我想使用SNPassoc库来进行质量控制。所以我必须这样做：

mydt<- setupSNP(data2)

作为http://davinci.crg.es/estivill_lab/tools/SNPassoc/SupplementaryMaterial.pdf 说。

上一个命令的输出是：

Error in as.data.frame.default(x[[i]], optional = TRUE,  stringsAsFactors = stringsAsFactors) : 
cannot coerce class ""try-error"" to a data.frame
 In addition: Warning message:
   In mclapply(data[, colSNPs, drop = FALSE], snp, sep = sep, ...) :
    all scheduled cores encountered errors in user code

我刚刚对此进行了搜索，但我无法修复它...... 如果有人对此有任何想法，如果她/他发布了某些内容，我会贬低

提前谢谢大家......

Answer 1

我们遇到了同样的问题-在某些SNP列中列出了该问题，这些问题已计入3个基因型限制。将这些设置为NA可以解决问题。