R使用簇绘制热图，但隐藏树状图

Question

默认情况下，R＆＃39; heatmap将对行和列进行聚类：

mtscaled = as.matrix(scale(mtcars))
heatmap(mtscaled, scale='none')

我可以禁用群集：

heatmap(mtscaled, Colv=NA, Rowv=NA, scale='none')

然后树形图消失了：

但现在数据已不再聚集。

我不希望显示树形图，但我仍然希望对行和/或列进行聚类。我怎么能这样做？

我想要的示例：

Answer 1

library(gplots)
heatmap.2(mtscaled,dendrogram='none', Rowv=TRUE, Colv=TRUE,trace='none')

Rowv - 是TRUE，这意味着树形图是基于行平均值计算和重新排序的。

Colv - 列应与行相同。

Answer 2

您可以使用pheatmap执行此操作：

mtscaled <- as.matrix(scale(mtcars))
pheatmap::pheatmap(mtscaled, treeheight_row = 0, treeheight_col = 0)

请参阅此处的pheatmap输出：

Answer 3

我和pheatmap有类似的问题，它具有更好的可视化和热图或热图。虽然heatmap.2是您的解决方案的选择，但这里是pheatmap的解决方案，通过提取聚类数据的顺序。

library(pheatmap)
mtscaled = as.matrix(scale(mtcars))
H = pheatmap(mtscaled)

Here is the output of pheatmap

pheatmap(mtscaled[H$tree_row$order,H$tree_col$order],cluster_rows = F,cluster_cols = F)

Here is the output of pheatmap after extracting the order of clusters

Answer 4

对于ComplexHeatmap，有一些函数参数可以删除树状图：

library(ComplexHeatmap)
Heatmap(as.matrix(iris[,1:4]), name = "mat", show_column_dend = FALSE, show_row_dend = FALSE)

Answer 5

使用基本的 R 热图函数绘制两次树状图。获取第一次运行的输出，该输出聚类但强制绘制树状图，然后再次将其输入热图函数。这一次，没有聚类，也没有绘制树状图。

#生成一个稍微有点结构的随机对称矩阵，并制作一个热图

{
  "errors": [
    {
      "message": "The type of Query.GetUser must be Output Type but got: undefined."
    },
    {
      "message": "The type of Mutation.mutation must be Output Type but got: undefined."
    }
  ]
}

#保存输出

M100s<-matrix(runif(10000),nrow=100)
M100s[2,]<-runif(100,min=0.1,max=0.2)
M100s[4,]<-runif(100,min=0.1,max=0.2)
M100s[6,]<-runif(100,min=0.1,max=0.2)
M100s[99,]<-runif(100,min=0.1,max=0.2)
M100s[37,]<-runif(100,min=0.1,max=0.2)
M100s[lower.tri(M100s)] <- t(M100s)[lower.tri(M100s)]
heatmap(M100s)

#在没有聚类或树状图的情况下再次运行

OutputH <- heatmap(M100s)