Question

我想在*.mha处理Python文件。但它需要MedPy包依赖于ITK包。我目前在安装ITK包时遇到问题。我在考虑是否有办法将*.mha文件转换为*.nii文件（使用其他方式，可能是C++），因为我可以使用Python来阅读*.nii个文件。任何相关的指针都是最受欢迎的。

Answer 1

您可以在Python中安装SimpleITK并使用它来进行转换。例如，

import SimpleITK as sitk

root_path = '/path/to/image'
nii_path = root_path + '/data.nii'
mha_path = root_path + '/data.mha'

img = sitk.ReadImage(nii_path)
sitk.WriteImage(img, mha_path)

Answer 2

解决此问题的另一个途径是安装sci-kit image和simpleitk。

这不需要ITK的源代码或包装构建，并且允许读取MHA文件并写入NIFTI格式。

pip install scikit-image 
pip install SimpleITK or easy_install -U SimpleITK

如果您运行以下代码，则安装了这些代码，这应该可以正常工作

import skimage.io as io

path = 'C:/test.mha' #path to your MHA file
outpath = 'C:/test.nii'

img = io.imread(path,plugin='simpleitk')
io.imsave('outpath',img,plugin='simpleitk')

Answer 3

要得到这个问题的答案，我浪费了24小时，但最后，我可以说将.mha转换为.nii文件非常简单 1.首先，您必须在conda或使用的环境中安装SimpleITK软件包

之后，只需按照以下步骤转换任何文件。

import SimpleITK as sitk
import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np
import os

OUTPUT_DIR = 'Output'

# Image = sitk.ReadImage('lena1.png')
Image = sitk.ReadImage('Flair.mha')
print(Image.GetPixelIDTypeAsString())
sitk.WriteImage(Image, os.path.join(OUTPUT_DIR, 'Flair.nii'))
# sitk.WriteImage(Image, os.path.join(OUTPUT_DIR, 'SimpleITK.bmp'))
# plt.imshow(sitk.GetArrayViewFromImage(Image))
# plt.axis('off')
# plt.show()

通过执行以下步骤，我想你们将获得所需的输出。

如何将* .mha文件转换为Python中的* .nii文件（不使用MedPy）或C？

3 个答案: