Question

我有一个4D .nii文件，如＆＃34; filtered_func_data.nii＆＃34;来自：[https://nifti.nimh.nih.gov/nifti-1/data]

通过加载数据并访问img字段：

S = load_nii('filtered_func_data.nii')
S = 

       hdr: [1x1 struct]
  filetype: 2
fileprefix: 'filtered_func_data'
   machine: 'ieee-be'
       img: [4-D int16]
  original: [1x1 struct]

A = S.img

，大小为：

size(A)

回答=

64    64    21   180

因此，数据由64x64图像组成，深度/切片数为21，帧数为180。有人可以帮我把这个.nii数据转换成21 * 180 = 3780 png图像，大小为64 * 64吗？另外，我想删除每个时间段的最后10个切片。

Answer 1

首先，您可以按indexing the array删除最后10个图像卷，如下所示：

A = A(:, :, :, 1:170);

您还希望将数据从16-bit signed integers转换为16-bit unsigned integers，因为PNG文件不支持int16（作为评论中的错误消息）显示）。我对这类医学图像的体验是，绝大多数图像数据位于正范围内，并且有一些虚假的负像素值，因此您可能只需将负值归零并转换为{ {3}}（您可能希望查看像素值的直方图以确定）：

A = uint16(A);  % Convert to unsigned, zeroing out negative values

现在，当您创建所有PNG图像时，您可能希望生成一个文件名，其中包含切片和时间索引，以便您可以更轻松地识别和排序它们。您可以遍历每个64 x 64图像，使用unsigned integer生成文件名，并使用sprintf创建图像，如下所示：

[nRows, nCols, nSlices, nTimes] = size(A);
for iSlice = 1:nSlices
  for iTime = 1:nTimes
    fileName = sprintf('%s_%d_%d.png', S.fileprefix, iSlice, iTime);
    imwrite(A(:, :, iSlice, iTime), fileName);
  end
end

如果您想减少生成的文件数量，可以将每个图像卷的21个切片收集到5 x 5马赛克中，为您提供一个更大的图像（320-by- 320）每个时间点。您可以使用imwrite，cell arrays和mat2cell执行以下操作：

[nRows, nCols, nSlices, nTimes] = size(A);
for iTime = 1:nTimes
  C = cat(3, A(:, :, :, iTime), zeros(nRows, nCols, 4));  % Pad with 4 empty slices
  C = mat2cell(C, nRows, nCols, ones(1, 25));  % Place each slice in a cell
  C = cell2mat(reshape(C, 5, 5).');            % Reshape cell array and make mosaic
  fileName = sprintf('%s_%d_.png', S.fileprefix, iTime);
  imwrite(C, fileName);
end

将4D .nii文件转换为.png

1 个答案: