将.png文件转换为.nii(NiFti文件)

时间:2018-09-27 11:17:08

标签: python matlab conv-neural-network file-format

我目前正在一个项目中,该项目处理.nii中的neuro images个文件。我将该文件转换为80个.png文件。现在,我需要再次将这80个.png合并到.nii个文件中。

请帮助。

谢谢。

2 个答案:

答案 0 :(得分:1)

严格的答案是不,您不能这样做。因为png文件不包含NIfTI文件所需的那些信息。

但是,如果您不在乎坐标和左右信息是否正确,则可以生成伪造的nii文件。您可以使用for循环读取png文件(我想它们具有相同的尺寸):

for i = 1:numberOfPNG_file
    img(:,:,i) = imread(png_Files{i});
end

您可以使用Matlab NIfTI tool创建nii文件:

nii = nii_tool('init', img);
nii_tool('save', nii, 'my_nii.nii');

答案 1 :(得分:0)

希望这会有所帮助

    %step 1: get the names of the files
            files=dir('*.png');
            file_names={files.name}';

    %step 2: sort the files

            %extract the numbers
            %Here, the format of the name shoul be enterd and %d should replate the
            %number, this is so that the files will be load in the right order
              filenum = cellfun(@(x)sscanf(x,'%d.png'), file_names);
            % sort them, and get the sorting order
              [~,Sidx] = sort(filenum) ;
            % use to this sorting order to sort the filenames
              SortedFilenames = file_names(Sidx);

   %step 3: combine images to single matrix:
            %get number of files
            num_of_files=numel(SortedFilenames);
            for i=1:num_of_files
                nifti_mat(:,:,i)=imread(SortedFilenames{i});
            end
  %step 4: conver to nifti and save:
            filename='here_goes_the_name_of_the_file';
            niftiwrite(nifti_mat,filename);