费希尔测试：如何将两个文件合二为一，并进行费希尔测试

Question

我有两个文件（健康与癌症），包含转座元素类和子类（两列），但一个有71602行，另一个72500，我试图把它们作为数据框放在一个文件中进行费希尔测试，看看一个classe在癌症中比在健康组织中更重要但是没有设法得到它。 有谁知道如何获得一个档案并进行费希尔测试？

Answer 1

Fisher测试的输入是2x2列联表。您想要的是分别在两个文件中读取，然后从中生成一个列联表。您不需要将两个文件合并为一个数据框。例如，你可以做

df1<-data.frame(health=rep("healthy", 5), TE=sample(c("A", "B"), 5, replace=T))


df2<-data.frame(health=rep("cancer", 7), TE=sample(c("A", "B"), 7, replace=T))


ctable<-matrix(c(sum(df1$TE=='A'), sum(df1$TE=='B'), sum(df2$TE=='A'), sum(df2$TE=='B')), nrow=2, ncol=2, dimnames=list(c("A", "B"), c("Healthy", "Cancer")))

ctable

fisher.test(ctable)