R中的定制Fisher精确测试

Question

提前初学者的问题！
（花了很多时间后，找不到直截了当的解决方案..）

在尝试所有相关帖子后，我似乎无法找到答案，也许是因为我的问题非常基本。

我想在我的数据上运行fisher.test（无论数据，对我来说并不重要 - 我的是来自QR33的鲁宾儿童电视研讨会 - http://www.stat.columbia.edu/~cook/qr33.pdf）它必须模拟完全随机化的实验。

我的假设是，在这种情况下RCT意味着所有单位都有相同的概率被分配到治疗（1 / N）。 （当然，如果我错了，请纠正我。谢谢）。

我被要求创建一个自定义函数，我的函数必须包含以下参数：

1. 治疗观察（病媒）
2. 控制观察（矢量）
3. 表示尖锐零假设的值（例如零）的标量;和
4. 该功能应运行的模拟实验的数量。

在挖掘R的fisher.test时，我发现我可以指定X，Y和许多其他参数，但我不确定以下内容：

1. Y的含义是什么？ （即根据统计意义，a factor object; ignored if x is a matrix.不提供信息）。
2. 如何指定我的原假设？ （即如果我不想使用0。）我看到there is a class "htest" with null.value，但我如何在函数中使用它？
3. 注册模拟数量，我的计划是通过循环运行所有内容 - 听起来很昂贵 - 任何想法如何更好地编写它？

感谢您的帮助 - 我认为这不是一件容易的事，希望对许多人有用。

干杯，

NB - 以下解释被发现不满意：

https://www.r-bloggers.com/contingency-tables-%E2%80%93-fisher%E2%80%99s-exact-test/

https://stats.stackexchange.com/questions/252234/compute-a-fisher-exact-test-in-r

https://stats.stackexchange.com/questions/133441/computing-the-power-of-fishers-exact-test-in-r

https://stats.stackexchange.com/questions/147559/fisher-exact-test-on-paired-data

Answer 1

我并不完全清楚Fisher测试对于你想要做的事情来说是正确的（对于stats.SE来说这是一个很好的问题）但是我会解决R问题。

1. 正如“详细信息”部分开头所述，R提供两种方式来指定您的数据。

   您可以1.为参数x提供一个计数列表（省略y的任何内容），或者您可以将个体观察结果作为两个向量来指示行和列类别（哪个是哪个并不重要）;每个向量包含x和y的因子。 [我不确定为什么它也不允许您将x指定为计数向量，将y指定为因子的数据框，但它很容易转换为]

   < / LI>

2. 通过Fisher检验，观察类别可以交换的零假设（有条件地在边缘上）是独立的，但你可以选择使其成为一个或两个尾（通过alternative参数）

3. 我不确定我是否清楚地了解模拟方面，但我几乎从不使用循环进行模拟（不是为了效率，而是为了清晰和简洁）。函数replicate非常适合进行模拟。我大致每天使用它，有时多次使用它。