如何进行成对的费舍尔精确测试?

时间:2019-02-01 18:45:37

标签: r

我正在尝试进行pairwise.fisher.exact测试,但是我有一些问题。不幸的是,我在互联网上找不到任何解决方案。因此,我希望有人能帮助我。 这是我的数据:

dput(test)
structure(list(yes = c(2L, 2L, 5L, 5L, 1L, 0L, 0L, 12L, 4L, 7L, 
4L, 1L, 6L, 25L, 29L, 66L, 18L, 77L, 53L, 19L, 13L, 15L, 7L, 
20L, 58L, 34L, 38L, 39L, 11L, 45L, 33L, 50L, 48L, 42L, 29L), 
    no = c(898L, 1438L, 1435L, 1435L, 1439L, 1440L, 1440L, 1428L, 
    1436L, 1433L, 1436L, 1439L, 1434L, 1415L, 1351L, 1374L, 1422L, 
    1363L, 1387L, 1421L, 1427L, 1425L, 1433L, 1420L, 1382L, 1406L, 
    1402L, 1401L, 1429L, 1395L, 1407L, 1390L, 1392L, 1398L, 907L
    ), sum = c(900L, 1440L, 1440L, 1440L, 1440L, 1440L, 1440L, 
    1440L, 1440L, 1440L, 1440L, 1440L, 1440L, 1440L, 1380L, 1440L, 
    1440L, 1440L, 1440L, 1440L, 1440L, 1440L, 1440L, 1440L, 1440L, 
    1440L, 1440L, 1440L, 1440L, 1440L, 1440L, 1440L, 1440L, 1440L, 
    936L)), class = "data.frame", row.names = c(NA, -35L))

首先,我做了一个fisher.test,以查看“是”和“否”之间是否有区别。 fisher.test(test,simulate.p.value=TRUE) R给我带来了很大的不同,因此我想知道“是”与“否”之间的区别。我写道:

pairwise.fisher.test(c(2,2,5,5,1,0,0,12,4,7,4,1,6,25,29,66,18,77,53,19,13,15,7,20,58,34,38,39,11,45,33,50,48,42,29),c(900,1440,1440,1440,1440,1440,1440,1440,1440,1400,1400,1400,1400,1400,1400,1400,1400,1400,1400,1400,1400,1400,1400,1400,1400,1400,1400,1400,1400,1400,1400,1400,1400,1400,936),p.adjust.method = "bonferroni") 

R向我显示了“是”和“否”之间的区别,但仅针对前30个值。它说:

  

“已到达getOption(“ max.print”)-省略了5行”

因此,后5行不再显示。我不知道如何解决这个问题。

1 个答案:

答案 0 :(得分:0)

结果<-pairwise.fisher.test(c(2,2,5,5,1,0,0,12,4,7,4,1,6,25,29,66,18,77, 53,19,13,15,7,20,58,34,38,39,11,45,33,50,48,42,29),c(900,1440,1440,1440,1440,1440,1440) 1440,1440,1400,1400,1400,1400,1400,1400,1400,1400,1400,1400,1400,1400,1400,1400,1400,1400,1400,1400,1400,1400,1400,1400,1400,1400,1400,1400,1400,1400,1400 ,1400,1400,936),p.adjust.method = “邦费罗尼”)

查看(结果[[“ p.value”]])