我正在使用带有大数据的pheatmap。我的目的是对行和列进行聚类并分析主要聚类。我上传数据表并按如下方式执行热图：
library (pheatmap)
data<-read.table ("example.txt", header = TRUE)
pheatmap(data)
通过这个我得到了我的数据的热图。 我的example.txt看起来像这样：
a b c d e f
a 1 0.1 0.9 0.5 0.65 0.9
b 0.1 1 0.39 0.83 0.47 0.63
c 0.9 0.39 1 0.42 0.56 0.84
d 0.5 0.83 0.42 1 0.95 0.43
e 0.65 0.47 0.56 0.95 1 0.14
f 0.9 0.63 0.84 0.43 0.14 1
可能这是一个非常愚蠢的问题，但无论如何我会发布它。运行pheatmap（数据）后，如何获取与集群对应的元素？我是否必须以某些特定方式保存结果并通过其他R包进行分析？
答案 0 :(得分：11)
获取pheatmap的结果并使用cutree。提取10个簇，例如你可以这样做：
library(pheatmap)
res <- pheatmap(mtcars)
mtcars.clust <- cbind(mtcars,
cluster = cutree(res$tree_row,
k = 10))
head(mtcars.clust)
# mpg cyl disp hp drat wt qsec vs am gear carb cluster
# Mazda RX4 21.0 6 160 110 3.90 2.620 16.46 0 1 4 4 1
# Mazda RX4 Wag 21.0 6 160 110 3.90 2.875 17.02 0 1 4 4 1
# Datsun 710 22.8 4 108 93 3.85 2.320 18.61 1 1 4 1 2
# Hornet 4 Drive 21.4 6 258 110 3.08 3.215 19.44 1 0 3 1 3
# Hornet Sportabout 18.7 8 360 175 3.15 3.440 17.02 0 0 3 2 4
# Valiant 18.1 6 225 105 2.76 3.460 20.22 1 0 3 1 3
请参阅?pheatmap，?hclust和?cutree以获取帮助。