如何在pheatmap中创建离散图例

Question

我想在pheatmap中创建一个离散的图例（不连续）。所以对于这段代码，

m=as.matrix(c(1:100))
breaks=c(1,5,10,50,80,100)
color=c("red","blue","green","yellow","orange")
pheatmap(m,cluster_rows=FALSE, cluster_cols=FALSE,breaks=breaks,color=color)

传奇看起来像这样：

但我希望它看起来像每个矩形的大小相同：

你能指点一下pheatmap中的选项吗？我想不明白。非常感谢，

Answer 1

嗯，这个功能本身并不想容纳这样一个传奇。根据我的判断，没有办法传递任何参数组合使其离散，并且它所依赖的所有绘图函数似乎都被锁定，因此你无法真正调整它们的行为。

但是，好消息是该功能使用网格图形来输出。我们可以破解网格树上留下的网格对象，以删除它们绘制的图例并绘制我们自己的图例。我已经创建了一个函数来完成这个。

changeLegend<-function(breaks, color) {
    tree <- grid.ls(viewport=T, print=F)
    #find legend
    legendvp <- tail( grep("GRID.VP", tree$name), 1)
    #get rid of grobs in this viewport
    drop <- tree$name[grepl(tree$vpPath[legendvp],tree$vpPath) & 
        grepl("grob",tree$type)]
    sapply(drop, grid.remove)

    #calculate size/position of labels
    legend_pos = seq(0,to=1,length.out=length(breaks))
    brat = seq(0,to=1,length.out=length(breaks))
    h = 1/(length(breaks)-1)

    #render legend
    seekViewport(tree$name[legendvp])    
    grid.rect(x = 0, y = brat[-length(brat)], 
        width = unit(10, "bigpts"), height = h, hjust = 0, 
        vjust = 0, gp = gpar(fill = color, col = "#FFFFFF00"))
    grid.text(breaks, x = unit(12, "bigpts"), 
        y = legend_pos, hjust = 0,)
}

由于他们没有真正命名任何视口，我不得不猜测哪个视口包含哪些对象。我假设图例将始终是最后一个视口，它将包含两个globs，一个用于颜色框，一个用于图例中的文本。我删除这些项目，然后使用传入的中断和颜色重新绘制一个新图例。以下是如何将该函数与样本一起使用

library(pheatmap)
library(grid)

mm <- as.matrix(c(1:100))
breaks <- c(1,5,10,50,80,100)
colors <- c("red","blue","green","yellow","orange")

pp<-pheatmap(mm,cluster_rows=FALSE, cluster_cols=FALSE,
   breaks=breaks, color=colors, legend=T)
changeLegend(breaks, colors)

这就产生了

因为我们正在攻击未记录的网格对象，这可能不是最强大的方法，但它展示了网格图形的灵活性