R中“pheatmap”中没有边框颜色

Question

我正在探索R来分析我的基因表达数据。

我可以使用pheatmap包创建漂亮的热图。但是，在不同颜色的框之间进行转换时，它会自动引入我在放大后可以看到的边框颜色。尽管添加了属性border_color = "NA"。是否可以连续变化的热图？谢谢。

我的代码：

 pheatmapM <-pheatmap(datExprM, border_color = "NA", breaks = NULL, color = colorRampPalette(c("navy", "black", "yellow"))(50), cluster_rows = TRUE, cluster_cols = TRUE, scale = "row")

如下所示（缩放后），相邻的框用较浅的颜色分隔。

Answer 1

您可以为每个单元格单独编辑边框颜色，这可以用来解决这个问题。确切的解决方案将取决于您的 pheatmap 对象的确切组成。

首先，获取存储在热图中的 grobs（图形对象）的名称。您将需要抓取与热图的各个矩形（单元格）相对应的矩形。对我来说，这是 gTree 类的第一个 grob，但请尝试看看哪个适合您。这是我提取grob名称的方式：

grob_classes <- purrr::map(pheatmapM$gtable$grobs, class)
idx_grob <- which(purrr::map_lgl(grob_classes, function(cl) 'gTree' %in% cl))[1]

接下来，我们需要找到一个矩形 grob，它是我们刚刚找到的 gTree grob 的子代，如下所示：

grob_names <- names(pheatmapM$gtable$grobs[[idx_grob]]$children)
idx_rect <- grob_names[grep('rect', grob_names)][1]

现在，您可以从这个嵌套的 grob 中提取图形参数：fill（确定每个单元格的实际填充颜色）和 col（确定边框颜色）。默认情况下，col 是单个值，而 fill 是十六进制代码矩阵。当我用存储在 col 中的内容替换 fill 时，像这样...

pheatmapM$gtable$grobs[[idx_grob]]$children[[idx_rect]]$gp$col <- pheatmapM$gtable$grobs[[idx_grob]]$children[[idx_rect]]$gp$fill

...这相当于消除了边框，因为它现在与填充颜色相同。为确保单元格之间没有间隙，请同时增加边框厚度。

pheatmapM$gtable$grobs[[idx_grob]]$children[[idx_rect]]$gp$lwd <- 3

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据我估计，在您的特定 idx_grob 中识别正确的 idx_rect 或 pheatmap 可能会出现潜在问题。出于这个原因，我提供了一个可重现的示例（在 macOS 上运行 R 4.0.3 和 pheatmap 1.0.12），该示例可实现所需的结果（单元格之间没有边框也没有间隙），您可以使用它来启动关闭：

set.seed(1)

## Generate sample data
x <- table(round(rnorm(500, 100, 2)), round(rnorm(500, 100, 2)))
ph <- pheatmap::pheatmap(x, cluster_cols = FALSE, cluster_rows = FALSE)

## Extract the right grob
grob_classes <- purrr::map(ph$gtable$grobs, class)
idx_grob <- which(purrr::map_lgl(grob_classes, function(cl) 'gTree' %in% cl))[1]
grob_names <- names(ph$gtable$grobs[[idx_grob]]$children)
idx_rect <- grob_names[grep('rect', grob_names)][1]

## Remove borders around cells
ph$gtable$grobs[[idx_grob]]$children[[idx_rect]]$gp$col <- ph$gtable$grobs[[idx_grob]]$children[[idx_rect]]$gp$fill
ph$gtable$grobs[[idx_grob]]$children[[idx_rect]]$gp$lwd <- 3

## Plot result
graphics::plot.new()
print(ph)

结果应该是这样的：