在pheatmap中设置颜色范围

Question

我是R的新手，并开始使用pheatmap来显示治疗细胞和对照细胞中基因表达的log2倍变化。 默认情况下，pheatmap将颜色键的上限设置为6，将下限设置为-2。有没有办法以高于4的所有值分配给红色的最大强度的方式分配颜色，低于-1的值分配给蓝色的最大强度，其间的值分配给不同强度的颜色？ / p>

这是我一直在使用的代码：

QListView

我想用颜色：

pheatmap(my_matrix,cluster_cols = FALSE,cellwidth = 30,fontsize = 7,height = 40,show_rownames = FALSE)

Answer 1

colors<-colorRampPalette(rev(brewer.pal(n=7,name="RdYlBu")))(255)
pheatmap(my_matrix,cluster_cols = FALSE,cellwidth = 30,fontsize = 7,height = 40,show_rownames = FALSE, col=colors)