Bioperl程序执行出错

时间:2014-06-03 05:37:35

标签: algorithm perl bioinformatics bioperl clustal

我已经安装了bioperl,但很困惑在哪里获得它以及在哪里运行bioperl程序。然后我测试了它并且它成功了 我已经为多个seq运行了一个程序。对准。

生成错误

  

无法在@INC中找到Bio / Tools / Run / Alignment / Clustalw.pm(@INC包含:/ etc / perl /usr/local/lib/perl/5.14.2 / usr / local / share在msa.pl第3行的/perl/5.14.2 / usr / lib / perl5 / usr / share / perl5 /usr/lib/perl/5.14 /usr/share/perl/5.14 / usr / local / lib / site_perl。) 。   BEGIN失败 - 编译在msa.pl第3行中止。

1 个答案:

答案 0 :(得分:2)

这意味着缺少Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw模块。你需要安装它。使用cpan Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw进行安装。

另见:Installing perl dependency automatically in perl